Dane z sekwencjonowania są przekazywane w formacie FASTQ. Jest to standardowy format plików powszechnie używany w bioinformatyce.
Standardowo dane przekazywane są w postaci odczytów surowych tzw. raw reads, ale na prośbę klienta możemy dostarczyć dane w postaci odczytów oczyszczonych tzw. clean reads.
Celem uzyskania clean reads, surowe odczyty poddawane są obróbce mającej na celu usunięcie odczytów o niskiej jakości oraz trymowaniu tzn. odcięciu z odczytów sekwencji adapterów wykorzystywanych do sekwencjonowania.