Illumina i AVITI w skrócie
Obie platformy - Illumina oraz AVITI (Element Biosciences) - oferują zaawansowane technologie sekwencjonowania, lecz różnią się pod względem doświadczenia rynkowego, technologii oraz parametrów technicznych.
- Illumina - od ponad 25 lat na rynku, uznany standard w sekwencjonowaniu NGS. Technologia SBS, szerokie zastosowanie, wysoka wydajność (do 20 mld odczytów/run), dokładność na poziomie Q30. Bardzo rozbudowana, globalna sieć serwisową. Setki przetestowanych protokołów, zastosowań oraz wykorzystania opublikowanych w ogromnej ilości publikacji naukowych.
- AVITI - nowy gracz (od 2022), innowacyjna chemia Avidity Sequencing, dokładność Q40+, niższe koszty na Gb danych, kompatybilność z bibliotekami Illumina. Dostępność sprzętu i odczynników jest niska ale rośnie. Globalna sieć jeszcze w fazie rozwoju. Brak informacji o awaryjności / problemach / proponowanych rozwiązaniach ze względu na krótki okres obecności na rynku.
Obie platformy mają swoje mocne strony - wybór powinien zależeć od specyfiki projektu, dostępnego budżetu i oczekiwanej skali sekwencjonowania.
Porównanie w tabeli
Oto rzetelne, obiektywne porównanie platform Illumina i AVITI w formie tabeli, oparte na danych z publikacji naukowych oraz materiałów producentów:
PORÓWNANIE ILLUMINA I AVITI12 kryteriów
| Kryterium | Illumina | AVITI (Element Biosciences) |
|---|---|---|
| Okres działania na rynku | Od 1998 r. | Od 2022 r. (firma działa od 2017 r.) |
| Technologia | Sequencing by Synthesis (SBS) | Avidity Sequencing |
| Długość odczytu | MiniSeq: do 2×150 bp; MiSeq: do 2×300 bp; NextSeq: do 2×150 bp; NovaSeq 6000: do 2×250 bp; NovaSeq X: do 2×150 bp | 2×75 bp, 2×150 bp, 2×300 bp; Syntetyczne odczyty do 5 kb (LoopSeq) |
| Dokładność odczytów | Q30 (99,9% dokładności, 1 błąd/1000 baz)* | Q40 (99,99% dokładności, 1 błąd/10 000 baz)* |
| Maks. liczba odczytów/run | Do 20 mld (NovaSeq X Plus) | Do 2 mld odczytów (2×150 bp, 38 h) |
| Czas trwania runu | 13-44 h (w zależności od konfiguracji) | 20-60 h (zależnie od trybu) |
| Kompatybilność bibliotek | Wymaga bibliotek Illumina, szeroki wybór protokołów | Kompatybilny z bibliotekami Illumina, własne zestawy (Cloudbreak, Trinity) |
| Dostępność | Globalna, rozbudowana sieć wsparcia | Wzrastająca, dostępność zależna od regionu |
| Awaryjność | Uznawane za stabilne; notowano przypadki „barcode hopping” w HiSeq 4000/NovaSeq | Brak istotnych raportów o problemach; technologia nowa, mniej danych o długoterminowej stabilności |
| Koszty (sprzęt) | >1 mln USD (NovaSeq X); wyższe koszty odczynników | Ok. 350 000 USD; niższe koszty na Gb danych |
| Zastosowania | WGS, RNA-seq, ChIP-seq, metagenomika, diagnostyka kliniczna | WGS, RNA-seq, amplicony, metagenomika, sekwencjonowanie RNA (scRNA-seq, miRNA-seq) |
| Liczba dostępnych modeli | Co najmniej 9 modeli (MiniSeq, MiSeq, iSeq 100, NextSeq 550/1000/2000, NovaSeq 6000/X, HiSeq) | 3 modele (AVITI, AVITI LT, AVITI24) |
* dokładność sekwencjonowania / jakość odczytów zależy od bibliotek, a z kolei jakość bibliotek zależy od jakości próbki. Zatem należy zawsze mieć na uwadze iż ogromny wpływ na jakość wyników sekwencjonowania ma próbka!
POWIĄZANE ARTYKUŁY
Illumina, PacBio czy Oxford Nanopore? Którą technologię wybrać?Metatranskryptomika czy Prokaryotic RNA-seq? Co wybrać?Amplicon Seq czy metagenomika shotgun? Którą metodę wybrać?mRNA-seq czy Total RNA-seq? Którą metodę wybrać?De novo genome assembly - Illumina, PacBio, Nanopore czy hybryda?WGS, WES czy panel genowy? Którą metodę wybrać?SŁOWA KLUCZOWE
IlluminaAVITIElement Biosciencesplatformy sekwencjonowaniaporównanie technologii
Czy ten artykuł był pomocny?
Twoja odpowiedź pomaga nam poprawiać bazę wiedzy.
Dziękujemy - to nam pomaga.
Dziękujemy. Czego zabrakło?
Jedno zdanie wystarczy - trafi do osoby, która prowadzi ten artykuł.
Dziękujemy za uwagę.