Analizy pozwalające na zrozumienie modyfikacji epigenetycznych i ich wpływu na regulację genów. Epigenetyka to nauka o dziedzicznych zmianach aktywności genów spowodowanych mechanizmami innymi niż zmiany sekwencji DNA. Badania w ramach analizy epigenetycznej mogą obejmować badanie zmian w metylacji DNA, interakcji DNA-białko, dostępności chromatyny, modyfikacji histonów i nie tylko.
W naszym katalogu usług znajdą Państwo:
- WGBS (ang. Whole Genome Bisulfite Sequencing) pozwalające na identyfikację metylowanych cytozyn w skali obejmującej cały genom z rozdzielczością pojedynczego nukleotydu, niezbędne do zrozumienia ekspresji genów i wielu procesów biologicznych podlegających regulacji epigenetycznej.
- ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin Sequencing) to nowoczesna metoda epigenomiczna umożliwiająca identyfikację regionów otwartej chromatyny w skali całego genomu. Technika wykorzystuje hiperaktywną transpozazę Tn5, która jednocześnie tnie DNA i dołącza adaptery sekwencyjne do dostępnych regionów chromatyny. Dzięki temu możliwe jest mapowanie elementów regulatorowych genomu, takich jak promotory, enhancery czy miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych.
- Hi-C seq to technika genomowa służąca do badania trójwymiarowej organizacji genomu. Umożliwia identyfikację regionów DNA, które znajdują się blisko siebie w przestrzeni jądra komórkowego, nawet jeśli są odległe od siebie w liniowej sekwencji genomu. Metoda polega na utrwaleniu naturalnych kontaktów między fragmentami chromatyny, połączeniu sąsiadujących przestrzennie fragmentów DNA oraz ich sekwencjonowaniu. Dzięki temu możliwe jest tworzenie map interakcji chromosomowych, identyfikacja pętli chromatynowych (chromatin loops), domen TAD (Topologically Associating Domains) oraz analiza organizacji genomu wpływającej na regulację ekspresji genów.
KTÓRĄ USŁUGĘ WYBRAĆ?
Chcesz analizować metylację DNA?
Wybierz Whole Genome Bisulfite Sequencing. Metoda umożliwia identyfikację metylowanych cytozyn w skali całego genomu z rozdzielczością pojedynczego nukleotydu.
Chcesz zidentyfikować regiony otwartej chromatyny?
Wybierz ATAC-seq. Metoda pozwala mapować dostępne regiony chromatyny i wskazywać potencjalnie aktywne elementy regulatorowe genomu.
Chcesz zbadać trójwymiarową organizację genomu?
Wybierz Hi-C Sequencing, aby analizować przestrzenne kontakty pomiędzy fragmentami chromatyny, domeny organizacji genomu oraz pętle chromatynowe.
Potrzebujesz złożenia genomu na poziomie chromosomów?
Dane Hi-C mogą zostać wykorzystane do scaffoldingu w projektach de novo składania genomów. Pozwalają przypisywać, orientować i porządkować sekwencje w obrębie poszczególnych chromosomów.
POŁĄCZ RÓŻNE WARSTWY REGULACJI
Dane epigenomiczne mogą być integrowane z wynikami RNA-seq, analizą ekspresji genów, adnotacją genomu oraz innymi typami danych omicznych.
Połączenie informacji o metylacji DNA, dostępności chromatyny i ekspresji genów pozwala lepiej zrozumieć mechanizmy regulacji transkrypcji. Z kolei integracja danych Hi-C z wynikami ATAC-seq i RNA-seq umożliwia analizę zależności pomiędzy przestrzenną organizacją genomu, aktywnością elementów regulatorowych i zmianami ekspresji genów.
ZAPLANUJ PROJEKT EPIGENOMICZNY
Dobór odpowiedniej metody zależy od badanego mechanizmu regulacyjnego, rodzaju materiału, wielkości genomu oraz oczekiwanej rozdzielczości analizy. Przekaż nam informacje o organizmie, rodzaju próbek, liczbie grup eksperymentalnych i celu badania, a pomożemy dobrać odpowiednią technologię oraz zakres analizy danych.
WYPEŁNIJ SPECYFIKACJĘ PROJEKTU → tutaj
Nie masz pewności, która metoda będzie najlepsza? Uzupełnij dostępne informacje i zaznacz, że potrzebujesz pomocy w zaplanowaniu eksperymentu.
UMÓW KONSULTACJĘ → tutaj