Techniki single-cell i spatial omics umożliwiają badanie złożonych układów biologicznych z rozdzielczością niedostępną dla klasycznego sekwencjonowania całych tkanek lub populacji komórek. Zamiast uśrednionego wyniku dla całej próbki pozwalają analizować poszczególne komórki lub jądra komórkowe, identyfikować różnice między nimi oraz określać ich położenie i wzajemne relacje w obrębie tkanki.
Metody te znajdują zastosowanie m.in. w biologii rozwoju, onkologii, immunologii, neurologii, biologii roślin, badaniach nad regeneracją tkanek oraz analizie odpowiedzi komórek na czynniki środowiskowe, leczenie lub inne warunki eksperymentalne.
10x Genomics RNA-seq
Single-cell RNA-seq, czyli sekwencjonowanie RNA pojedynczych komórek, umożliwia analizę ekspresji genów oddzielnie dla każdej komórki lub każdego jądra komórkowego. W technologii 10x Genomics materiał biologiczny jest rozdzielany z wykorzystaniem systemu mikroprzepływowego, a cząsteczki RNA otrzymują unikalne znaczniki pozwalające przypisać odczyty sekwencjonowania do komórki, z której pochodziły.
10x Genomics ATAC-seq
Single-cell ATAC-seq umożliwia analizę dostępności chromatyny w pojedynczych jądrach komórkowych. Metoda pozwala określić, które regiony genomu posiadają otwartą strukturę chromatyny i mogą uczestniczyć w regulacji aktywności genów. Technologia 10x Genomics umożliwia badanie profilu dostępności chromatyny jednocześnie w tysiącach jąder obecnych w jednej próbce.
Spatial Transcriptomics
Transkryptomika przestrzenna umożliwia analizę ekspresji genów z zachowaniem informacji o położeniu badanego sygnału w obrębie tkanki. W przeciwieństwie do klasycznego RNA-seq oraz większości metod single-cell RNA-seq próbka nie jest analizowana wyłącznie jako zawiesina odizolowanych komórek. Wyniki ekspresji genów mogą zostać nałożone na obraz mikroskopowy skrawka tkankowego, co pozwala połączyć dane molekularne z jego strukturą i morfologią.
Rozdzielczość analizy zależy od zastosowanej technologii i może obejmować obszary zawierające kilka komórek, pojedyncze komórki, a w wybranych rozwiązaniach również lokalizację sygnału na poziomie subkomórkowym.
Którą technikę wybrać?
Wybór odpowiedniej metody zależy przede wszystkim od pytania badawczego:
Techniki te mogą być stosowane niezależnie lub integrowane w ramach jednego projektu. Połączenie danych transkryptomicznych, epigenomicznych i przestrzennych umożliwia kompleksową charakterystykę typów komórek, ich stanów funkcjonalnych, mechanizmów regulacji genów oraz organizacji badanego układu biologicznego.
Celem poznania cen oferowanych usług zalecamy wypełnienie formularza specyfikacji projektu i/lub zapoznanie się z artykułem dotyczącym wyceny usług.