Microbial Genomics

Celem analizy mikrobiomu należy przeprowadzić sekwencjonowanie Ampliconu 16S rRNA, lub sekwencjonowanie metagenomiczne typu shotgun. Sekwencjonowanie 16S rRNA było dotychczas najczęściej stosowane w badaniach mikrobiomu, aktualnie metagenomika typu shotgun staje się coraz bardziej dostępna i popularna w badaniach mikrobiomu. Jednak każda metoda ma swoje zalety i wady, które należy rozważyć przed podjęciem decyzji, którą metodę sekwencjonowania zastosować.

• Amplicon Sequencing (16S/18S/ITS), w którym wyróżniamy:
  1. 16S rRNA – do badań, których celem jest analiza genomu bakteryjnego. Można wybrać amplifikację konkretnych regionów, przy czym najczęściej wybieraną opcją jest kombinacja V3+V4. Możliwa jest analiza regionów od V1 do V9. Sekwencjonowanie całej długości czyli wszystkich fragmentów naraz również jest możliwe wykorzystując platformę PacBio.
  2. 18S rRNA – wykorzystywane głównie do wysokiej rozdzielczości badań taksonomicznych grzybów. Kluczowa różnica między rRNA 16S i 18S polega na tym, że 16S rRNA jest składnikiem podjednostki 30S w rybosomach prokariotycznych, podczas gdy 18S rRNA jest składnikiem podjednostki 40S w rybosomach eukariotycznych.
  3. ITS – region szeroko stosowany do analizy różnorodności grzybów w próbkach środowiskowych. Można wybrać analizę regionu ITS1 lub ITS2, lub całego fragmentu ITS1+ITS2.
• Shotgun Metagenomic – dostarcza informacji na temat całkowitego genomowego DNA wszystkich organizmów w próbce, co pozwala uniknąć konieczności izolacji i hodowli mikroorganizmów lub amplifikacji regionów docelowych. Ma to kluczowe znaczenie, gdyż uważa się, że blisko 99% wszystkich mikroorganizmów nie da się wyhodować w laboratorium. Sekwencjonowanie metagenomiczne typu shotgun dostarcza nie tylko informacji na temat adnotacji taksonomicznych każdego organizmu, ale także profilowania funkcjonalnego, przewidywania genów i mikrobiologicznych interakcji.

Celem poznania cen oferowanych usług zalecamy wypełnienie formularza specyfikacji projektu i/lub zapoznanie się z artykułem dotyczącym wyceny usług.