MICROBIOME & METAGENOMICS

Badania mikrobiomu pozwalają określić, jakie mikroorganizmy występują w analizowanej próbce, jaka jest struktura tworzonej przez nie społeczności oraz jak zmienia się ona pomiędzy badanymi warunkami, środowiskami lub grupami próbek. W zależności od celu projektu analiza może obejmować ukierunkowane sekwencjonowanie markerów taksonomicznych, takich jak gen 16S rRNA, gen 18S rRNA lub region ITS, albo kompleksowe sekwencjonowanie całkowitego DNA obecnego w próbce metodą metagenomiki shotgun. Oferujemy rozwiązania przeznaczone do analizy mikrobiomu bakteryjnego, archealnego, grzybowego i innych mikroorganizmów eukariotycznych. Pomagamy dobrać odpowiedni marker, region amplifikacji, technologię sekwencjonowania, wymaganą ilość danych oraz zakres analizy bioinformatycznej do rodzaju próbki i celu badania.

Wybierz interesującą Cię usługę, aby poznać wymagania dotyczące materiału, dostępne warianty sekwencjonowania oraz możliwy zakres analizy danych.

• Targeted Amplicon Sequencing, w którym wyróżniamy:
  0116S rRNA - do badań, których celem jest analiza genomu bakteryjnego. Można wybrać amplifikację konkretnych regionów, przy czym najczęściej wybieraną opcją jest kombinacja V3+V4. Możliwa jest analiza regionów od V1 do V9. Sekwencjonowanie pełnej długości 16S czyli wszystkich regionów od V1 do V9 naraz, jest możliwe, wykorzystując platformę PacBio.

  0218S rRNA - wykorzystywane głównie do wysokiej rozdzielczości badań taksonomicznych grzybów. Kluczowa różnica między rRNA 16S i 18S polega na tym, że 16S rRNA jest składnikiem podjednostki 30S w rybosomach prokariotycznych, podczas gdy 18S rRNA jest składnikiem podjednostki 40S w rybosomach eukariotycznych.

  03ITS - region szeroko stosowany do analizy różnorodności grzybów w próbkach środowiskowych. Można wybrać analizę regionu ITS1 lub ITS2, lub całego fragmentu ITS1+ITS2.
• Shotgun Metagenomic - dostarcza informacji na temat całkowitego genomowego DNA wszystkich organizmów w próbce, co pozwala uniknąć konieczności izolacji i hodowli mikroorganizmów lub amplifikacji regionów docelowych. Ma to kluczowe znaczenie, gdyż uważa się, że blisko 99% wszystkich mikroorganizmów nie da się wyhodować w laboratorium. Sekwencjonowanie metagenomiczne typu shotgun dostarcza nie tylko informacji na temat adnotacji taksonomicznych każdego organizmu, ale także profilowania funkcjonalnego, przewidywania genów i mikrobiologicznych interakcji.

Którą usługę wybrać?

Chcesz porównać skład mikrobiomu w wielu próbkach?

Wybierz Targeted Amplicon Sequencing. Jest to ukierunkowane rozwiązanie przeznaczone do profilowania wybranych grup mikroorganizmów i porównywania struktury społeczności.

Analizujesz bakterie lub archeony?

Wybierz sekwencjonowanie genu 16S rRNA. Możesz zdecydować się na analizę wybranego regionu zmiennego albo na sekwencjonowanie genu pełnej długości.

Analizujesz społeczności grzybów?

Wybierz sekwencjonowanie amplikonowe regionu ITS. W zależności od oczekiwanej rozdzielczości analiza może obejmować region ITS1, ITS2 albo pełny fragment ITS.

Potrzebujesz dokładniejszej identyfikacji taksonomicznej?

Rozważ Full-Length 16S rRNA Gene and ITS Amplicon Sequencing, które wykorzystuje dłuższe sekwencje markerowe i może zwiększyć rozdzielczość klasyfikacji mikroorganizmów.

Chcesz poznać także potencjał funkcjonalny mikrobiomu?

Wybierz Shotgun Metagenomic Sequencing. Metoda umożliwia analizę całkowitego DNA obecnego w próbce, bez ograniczania badania do jednego markera taksonomicznego.

Amplicon sequencing czy shotgun metagenomics?

Amplicon Sequencing - Sekwencjonowanie amplikonów jest odpowiednie, gdy głównym celem projektu jest określenie składu wybranej grupy mikroorganizmów oraz porównanie różnorodności społeczności pomiędzy próbkami. Metoda wymaga wyboru odpowiedniego markera i regionu amplifikacji. Uzyskane wyniki dotyczą przede wszystkim względnego profilu taksonomicznego, a analiza funkcjonalna ma charakter ograniczony lub predykcyjny.

Shotgun Metagenomic Sequencing - Metagenomika shotgun pozwala analizować wszystkie dostępne frakcje DNA w próbce bez stosowania starterów ukierunkowanych na pojedynczy marker. Zapewnia szerszy zakres informacji, obejmujący skład taksonomiczny, geny, szlaki metaboliczne oraz potencjalne właściwości funkcjonalne społeczności. Wymaga jednak większej ilości danych i bardziej rozbudowanej analizy bioinformatycznej.

Zaplanuj projekt

Dobór odpowiedniej metody zależy od rodzaju próbki, badanej grupy mikroorganizmów, oczekiwanej rozdzielczości taksonomicznej oraz tego, czy celem projektu jest wyłącznie analiza składu społeczności, czy także jej potencjału funkcjonalnego.

Przekaż nam informacje o rodzaju materiału, liczbie próbek, badanym mikrobiomie i celu projektu, a pomożemy dobrać odpowiedni marker, technologię sekwencjonowania oraz zakres analizy danych.

WYPEŁNIJ SPECYFIKACJĘ PROJEKTU → tutaj

Nie masz pewności, czy wybrać sekwencjonowanie amplikonów, czy metagenomikę shotgun? Uzupełnij dostępne informacje i zaznacz, że potrzebujesz pomocy w zaplanowaniu eksperymentu.

UMÓW KONSULTACJĘ → tutaj