Analiza bioinformatyczna

Wychodząc naprzeciw Państwa potrzebom oferujemy również analizę bioinformatyczną uzyskanych wyników dopasowaną do przeprowadzonego sekwencjonowania, materiału wyjściowego oraz stawianych hipotez badawczych.

Czym jest analiza bioinformatyczna?

Analiza bioinformatyczna to potężne narzędzie, które pozwala na interpretację danych z sekwencjonowania. Samo sekwencjonowanie generuje ogromne ilości danych, w postaci odczytów w parach zasad – sekwencji. Odpowiednie zastosowanie różnego rodzaju narzędzi bioinformatycznych pozwala na odkrycie cennych informacji ukrytych w surowych danych sekwencjonowania, m.in. takich jak:

• Identyfikacja genów i ich wariantów: analiza bioinformatyczna pozwala na identyfikację np. aktywnych genów w badanym materiale/próbce, a także wykryć warianty genetyczne, takie jak mutacje, polimorfizmy i zmiany liczby kopii.
• Ekspresja genów: przeprowadzając analizę transkryptomu: RNAseq i wykorzystując narzędzia bioinformatyczne możemy określić poziom ekspresji genów w różnych warunkach, porównać ekspresję genów pomiędzy próbkami, a także przeanalizować jak zmienia się ekspresja w trwania badanego procesu. Wszystko zależy od zastosowanego podejścia do sekwencjonowania a następnie do analizy bioinformatycznej, dlatego bardzo istotne jest jeszcze przez zleceniem usługi określenie konkretnych potrzeb / hipotez /pytań aby dobrze zaplanować eksperyment.
• Struktura i funkcja genomu: Analiza bioinformatyczna może pomóc w poznaniu struktury i funkcji genomu, w tym identyfikacji elementów regulacyjnych i regionów kodujących białka. Bioinformatyczna analiza genomu możliwa jest po sekwencjonowaniu całogenomowym tzn. Whole Genome Sequencing – WGS, która pozwala również na składanie/montaż (z ang. assembly) genomów de novo dla organizmów które nie posiadają zsekwencjonowanego genomu referencyjnego.
• Identyfikacja mikroorganizmów – wykorzystanie sekwencjonowania Amplicon Seq 16Sr/ITS wraz z analizą bioinformatyczną pozwala na identyfikację konkretnych grup mikroorganizmów bakterii i grzybów w badanym materiale. Takie podejście do analizy składu mikrobiomu, znalazło szerokie zastosowanie w medycynie, rolnictwie i ochronie środowiska.

Każda nasza usługa sekwencjonowania w weSEQ.IT zawiera podstawową analizę bioinformatyczną, która obejmuje analizę jakości danych po sekwencjonowaniu.

Na życzenie klienta w cenie usługi sekwencjonowania możemy również przeprowadzić:

• Trimming sekwencji adaptorów – usunięcie z odczytów surowych sekwencji adaptorów wykorzystanych do sekwencjonowania;
• Dostarczenie wyników w postaci oczyszczonych danych (tzw. clean reads)
  

Zaawansowana analiza bioinformatyczna (dodatkowo płatna): różni się w zależności od wybranego rodzaju sekwencjonowania i może być dostosowywana do potrzeb projektu, a obejmować może m.in.:

• Badanie struktury i funkcji genomu, montaż genomu (z ang. Genom Assembly, również z opcją 0-gap) wraz z SNP i InDel calling jako wynik sekwencjonowania WGS
• Identyfikację SNP/InDel i nowych genów oraz różnych ich wariantów; różnicową analizę ekspresji genów (DEGs) oraz analizę funkcjonalną genów o zmienionej ekspresji (GO) jako wynik sekwencjonowania transkryptomu RNAseq.
• Identyfikację nowych małych cząsteczek RNA, analizę zmian ekspresji smallRNA oraz adnotacje i funkcjonalne analizy genów docelowych analizowanych sRNA jako wynik sekwencjonowania small RNAseq.
• Analizę Operational Taxonomic Unit (OTU), dystrubucję gatunkową oraz analizę Alpha i Beta diveristy wraz z porównaniami pomiędzy próbkami jako elementy analizy bioinformatycznej sekwencjonowania Amplicon Seq 16S rRNA.

Dlaczego warto skorzystać z naszych usług analizy bioinformatycznej?

• Dostarczymy wyniki analiz bioinformatycznych w postaci gotowych do wykorzystania w publikacji:
  • tabel, 
  • wykresów,
  • heatmap,
  • schematów,
  • dokładnych opisów zastosowanych narzędzi i metod.
• Analizę przeprowadzi dla Państwa doświadczony zespół bioinformatyków;
• Dzięki opracowanym i sprawdzonym pipline (procedurom) gwarantujemy szybką, rzetelną i wiarygodną analizę;
• Konkurencyjne ceny;
• Dajemy możliwość dostosowania analizy do indywidualnych potrzeb.
  

Rekomendujemy aby wskazać konkretne wymagania stawiane analizie bioinformatycznej podczas uzupełniania formularza specyfikacji projektu.

Zakres analizy można również przedyskutować / uzgodnić z Naszym Działem wsparcia który odpowie na pojawiające się pytania i wątpliwości.

Poniżej przedstawiamy przykładowe Raporty Demo z analizy mRNAseq, smallRNAseq oraz WGS.

Skontaktuj się z nami już dziś, aby dowiedzieć się więcej o naszych usługach analizy bioinformatycznej!