Metagenomic Seq

Metagenomowe sekwencjonowanie (Metagenom Seq) to zaawansowana technika badawcza wykorzystywana do analizowania kompletnych zestawów materiału genetycznego pochodzącego od różnych mikroorganizmów, które zamieszkują określone środowisko, takie jak gleba, woda, jelita, skóra itp. Dzięki Metagenom Seq można zbadać wszystkie mikroorganizmy obecne w próbce, bez konieczności ich uprzedniego hodowania w laboratorium. Proces ten pozwala uzyskać szczegółowe informacje o bioróżnorodności mikroorganizmów, ich funkcjach oraz interakcjach w danym ekosystemie.

Przebieg procesu Metagenomic Seq

Zastosowanie Metagenomic Seq

Charakterystyka techniczna Metagenomic Seq

Specyfikacja: Illumina

• Tryb sekwencjonowania: 2x150bp
• Ilość danych na próbkę (output):
  • 6 Gb danych na próbkę - standardowe, rekomendowane podejście
  • 10 Gb danych na próbkę
  • 20 Gb danych na próbkę;
  • Inna / Niestandardowa (na specjalne życzenie klienta).

• Rekomendowane wymagania dotyczące próbek (Illumina):
  • Typ próbki: gDNA
  • Ilość: > 50ng
  • Koncentracja (NanoDrop): >20 ng/μL
  • Objętość: >20 μL
  • Czystość (OD260/280): 1.6 - 2.5
• MINIMALNE wymagania dotyczące próbek (Illumina):
  • Typ próbki: gDNA
  • Ilość: > 30ng
  • Koncentracja (Qubit): >1 ng/μL
  • Objętość: >20 μL

Możliwa jest również izolacja DNA z dostarczonych próbek. Szczegóły tutaj.

Specyfikacja: PacBio

• Długie odczyty, 8kb
• Ilość danych na próbkę (output):
  • 10 Gb danych na próbkę - standardowe, rekomendowane podejście
  • 20 Gb danych na próbkę
  • Inna / niestandardowa (na specjalne życzenie klienta).

• Rekomendowane wymagania dotyczące próbek (PacBio):
  • Typ próbki: gDNA
  • Ilość: > 15 000 ng
  • Koncentracja (NanoDrop): >50 ng/μL
  • Objętość: >20 μL
  • Czystość (OD260/280): 1.6 - 2.5
• MINIMALNE wymagania dotyczące próbek (PacBio):
  • Typ próbki: gDNA
  • Ilość: > 10 000 ng
  • Koncentracja (Qubit): >50 ng/μL
  • Objętość: >20 μL

Możliwa jest również izolacja DNA z dostarczonych próbek. Szczegóły tutaj.

Specyfikacja: ONT

• Długie odczyty, 10kb
• Ilość danych na próbkę (output):
  • 6 Gb danych na próbkę - standardowe, rekomendowane podejście
  • 10 Gb danych na próbkę
  • Inna / niestandardowa (na specjalne życzenie klienta).

• Rekomendowane wymagania dotyczące próbek (ONT):
  • Typ próbki: gDNA
  • Ilość: > 3 000 ng
  • Koncentracja (NanoDrop): > 50 ng/μL
  • Objętość: >20 μL
  • Czystość (OD260/280): 1.6 - 2.5
• MINIMALNE wymagania dotyczące próbek (PacBio):
  • Typ próbki: gDNA
  • Ilość: > 2 000 ng
  • Koncentracja (Qubit): > 40 ng/μL
  • Objętość: >20 μL

Możliwa jest również izolacja DNA z dostarczonych próbek. Szczegóły tutaj.

Analiza bioinformatyczna Metagenomic Seq

Zaawansowana analiza bioinformatyczna w pakiecie Metagenom Seq obejmuje m.in.:

• Adnotacja funkcji: Nr, GO, KEGG, eggNOG, Pfam, SwissProt, CAZy, CARD, PHI-base, CYPED, QS, BacMet
• Analiza bioróżnorodności - na poziomie funkcji i gatunku
• Składniki i względna obfitość
• Analizę bioróżnorodności alfa i beta
• Analizę różnic między grupami
• Analizę korelacji i powiązań