Whole Bacterial / Fungal Genome Sequencing to zaawansowana metoda sekwencjonowania, która pozwala na określenie pełnej sekwencji genomu organizmu. Technika ta umożliwia analizę całego DNA.
Przebieg procesu Bacterial/Fungal WGS
01Izolacja DNA: Pobranie próbki i ekstrakcja wysokiej jakości genomowego DNA z próbki bakteryjnej. Wykorzystuje się różne metody, takie jak zestawy do izolacji DNA, które eliminują zanieczyszczenia i zapewniają czysty materiał genetyczny.
02Przygotowanie bibliotek: Fragmentacja i dodanie adapterów do sekwencjonowania i indeksów.
03Sekwencjonowanie: Analiza na platformach sekwencjonujących Illumina, PacBio lub ONT (Oxford Nanopore Technologies)
04Analiza bioinformatyczna: Montaż genomu celem rekonstrukcji sekwencji całogenomowej z krótkich odczytów, adnotacja genów oraz porównanie z genomem referencyjnym.
Zastosowanie Bacterial/Fungal WGS
01Diagnostyka medyczna:
- Identyfikacja patogenów odpowiedzialnych za infekcje bakteryjne.
- Analiza oporności na antybiotyki (np. detekcja genów oporności, takich jak bla, mecA, van).
- Charakterystyka szczepów bakteryjnych w celu ustalenia ich potencjału chorobotwórczego.
- Diagnostyka patogenów grzybiczych (np. Candida albicans, Aspergillus fumigatus).Analiza szczepów odpornych na leki przeciwgrzybicze.
02Epidemiologia:
- Śledzenie źródeł zakażeń w wybuchach epidemii (np. Salmonella, E. coli, Listeria).
- Ustalanie pokrewieństwa genetycznego między szczepami w czasie i przestrzeni.
- Analiza pokrewieństwa szczepów grzybiczych w ogniskach zakażeń szpitalnych i środowiskowych.
03Badania naukowe:
- Charakterystyka nowych gatunków bakterii i ich genomów.
- Zrozumienie mechanizmów adaptacyjnych, np. w środowisku lub pod wpływem antybiotyków.
- Zrozumienie biologii grzybów, np. cyklu życiowego, mechanizmów patogenezy. Badania genów odpowiedzialnych za produkcję metabolitów wtórnych (np. antybiotyków).
04Bezpieczeństwo żywności:
- Monitorowanie bakterii w łańcuchu dostaw żywności (np. wykrywanie bakterii chorobotwórczych w przemyśle spożywczym).
- Kontrola jakości i śledzenie szczepów powodujących zanieczyszczenie produktów.
- Detekcja grzybów produkujących mykotoksyny w żywności i paszach (np. Aspergillus produkujący aflatoksyny).
05Rolnictwo i ochrona zdrowia zwierząt:
- Analiza bakterii patogennych dla zwierząt gospodarskich.
- Badania mikrobiomu gleby i wpływu bakterii na plony.
- Analiza patogenów grzybiczych roślin (np. Fusarium, Phytophthora).
- Badania grzybów symbiotycznych poprawiających zdrowie roślin.
06Mikrobiologia środowiskowa:
- Badania różnorodności mikroorganizmów w ekosystemach.
- Analiza roli bakterii w procesach biotechnologicznych (np. oczyszczanie środowiska).
- Zastosowanie w przemyśle farmaceutycznym (np. produkcja penicyliny przez Penicillium), spożywczym (fermentacja), czy biopaliwowym (np. enzymy celulolityczne).
- Analiza roli grzybów w obiegu materii, np. rozkładzie biomasy, oraz w bioremediacji.
Charakterystyka techniczna Bacterial/Fungal WGS
- Tryb sekwencjonowania:
- Illumina: 2x150bp
- ONT: 20kb
- PacBio Revio: 10 kb-HiFi
- Rekomendowane pokrycie genomu / ilość danych na próbkę:
- Bacterial WGS
- Illumina (Draft map): 100 X
- Nanopore: ≥ 100X ONT + 100X Illumina - Complete map 0-Gap
- PacBio: 30X HiFi + 100X Illumina - Complete map 0-Gap
- Fungal WGS
- Illumina: 100X (Survey: 50X)
- Nanopore: ≥ 100X ONT + 50X Illumina
- PacBio: 30X HiFi + 50X Illumina
- Bacterial WGS
Wymagania dotyczące próbek
Minimalne wymagania dotyczące próbek (Illumina):
- Typ próbki: gDNA
- Ilość: > 60ng
- Koncentracja (NanoDrop): >1 ng/μL
- Objętość: >20 μL
Minimalne wymagania dotyczące próbek (PacBio):
- Typ próbki: gDNA
- Ilość: > 2μg
- Koncentracja (NanoDrop): >20 ng/μL
- Objętość: >20 μL
Minimalne wymagania dotyczące próbek (ONT):
- Typ próbki: gDNA
- Ilość: > 2μg
- Koncentracja (NanoDrop): >50 ng/μL
- Objętość: >20 μL
Rekomendujemy wysłanie większej ilości / koncentracji aniżeli minimalna.
Możliwa jest również izolacja DNA z dostarczonych próbek. Szczegóły tutaj.
Analiza bioinformatyczna Bacterial/Fungal WGS
- Całogenomowe re-sekwencjonowanie grzybów (WGS):
- Wykrywanie polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP).
- Składanie genomu de novo:
ZAKRES ANALIZY BIOINFORMATYCZNEJ3 analizyBadanie genomu grzybów/bakterii (Illumina) Szacowanie wielkości genomu.Szkicowy genom grzybów/bakterii (Illumina) Analiza składników genomu i adnotacja funkcji.Precyzyjny genom grzybów/bakterii (Illumina + ONT/PacBio) Analiza składników genomu i adnotacja funkcji. Bakterie - wizualizacja genomu za pomocą diagramu Circos.
Figury demo
Wybrane realizacje i publikacje naszych klientów
Sprawdź, dla jakich instytucji wykonujemy sekwencjonowanie NGS i w jakich publikacjach wykorzystano dostarczone przez nas dane.
Wybrane realizacje (6 zleceń)
PODMIOT
ZAKRES PRAC
LATA REALIZACJI ZLECEŃ
LATA REALIZACJI ZLECEŃ
2026
LATA REALIZACJI ZLECEŃ
2025
LATA REALIZACJI ZLECEŃ
2024
ZAKRES PRACWhole Bacterial/Fungal Genome Sequencing
LATA REALIZACJI ZLECEŃ
2023
W trosce o poufność współpracy z naszymi klientami prezentujemy jedynie wybrane realizacje dla sektora publicznego, nieobjęte umowami o zachowaniu poufności (NDA).
Ostatnia aktualizacja: 05.11.2026
POWIĄZANE ARTYKUŁY
Whole Genome Sequencing (WGS)Whole Exome SequencingSLAF-seqGENOMICSPorównanie: Illumina i AVITIMetatranskryptomika czy Prokaryotic RNA-seq? Co wybrać?SŁOWA KLUCZOWE
genom bakteryjnygenom grzybowyizolatymicrobe WGSsekwencjonowanie genomów bakterii
Czy ten artykuł był pomocny?
Twoja odpowiedź pomaga nam poprawiać bazę wiedzy.
Dziękujemy - to nam pomaga.
Dziękujemy. Czego zabrakło?
Jedno zdanie wystarczy - trafi do osoby, która prowadzi ten artykuł.
Dziękujemy za uwagę.