W SKRÓCIE
–Biblioteki przygotowujemy metodą rybodeplecji, która usuwa rybosomalne RNA stanowiące większość RNA w komórce prokariotycznej.
–Sekwencjonowanie prowadzimy na platformie Illumina NovaSeq w trybie 2×150 bp stranded, przy 2 Gb danych na próbkę i jakości Q30 co najmniej 85%.
–Rekomendowanym materiałem jest total RNA w ilości powyżej 1500 ng i o RIN powyżej 7, a minimum wynosi 1000 ng przy RIN powyżej 6,5.
Prokaryotic mRNA Sequencing to zaawansowana metoda analizy transkryptomu prokariotów (np. bakterii i archeonów). Polega na sekwencjonowaniu mRNA, co pozwala określić, które geny są aktywne i jak ich ekspresja zmienia się w czasie / warunkach.
Przebieg procesu Prokaryotic mRNAseq
01Izolacja RNA: Izolacja RNA z komórek prokariotycznych.
02Przygotowanie bibliotek: Zastosowanie metody rybodeplecji aby usunąć rRNA, które stanowi większość RNA w komórce.
03Sekwencjonowanie: Wykorzystanie technologii wysokoprzepustowych np. Illumina.
04Analiza bioinformatyczna: Identyfikacja i kwantyfikacja poszczególnych cząsteczek mRNA, analiza ich funkcji oraz analizy zmian ekspresji poszczególnych genów względem pomiędzy próbkami.
Zastosowanie Prokaryotic mRNAseq
- Badanie mechanizmów regulacji genów w odpowiedzi na warunki środowiskowe.
- Charakterystyka patogenów i ich zdolności adaptacyjnych.
- Zrozumienie mikrobiomu i jego wpływu na zdrowie człowieka.
- Optymalizacja procesów biotechnologicznych w mikroorganizmach inżynierii genetycznej.
Charakterystyka techniczna Prokaryotic mRNAseq
- Sposób przygotowania bibliotek: usunięcie rybosomalnego RNA z próbki
- Tryb sekwencjonowania: 2x150bp (PE150), stranded
- Sekwenatory: platforma Illumina NovaSeq
- Rekomendowana ilość danych na próbkę:
- 2Gb na próbkę
- Dostępne są również inne konfiguracje w zależności od potrzeb klienta.
- Jakość danych: Q30 ≥ 85%
- Rekomendowane wymagania dotyczące próbek:
- Typ próbki: totale RNA
- Ilość: > 1500ng
- Koncentracja (NanoDrop): >100 ng/μL
- Objętość: >15 μL
- Czystość (OD260/280): 1.8 – 2.2
- RIN: >7
- MINIMALNE wymagania dotyczące próbek:
- Typ próbki: totale RNA
- Ilość: > 1000ng
- Koncentracja (Qubit): >50 ng/μL
- Objętość: >10 μL
- Czystość (OD260/280): 1.7 – 2.5
- RIN: >6.5
- 5.0 ≥ 28S/18S ≥ 1.0
Możliwa jest również izolacja RNA z dostarczonych próbek. Szczegóły tutaj.
Analiza Bioinformatyczna Prokaryotic mRNAseq
Zaawansowana analiza bioinformatyczna w pakiecie Prokaryotic mRNAseq. obejmuje m.in.:
- Kontrolę jakości danych po sekwencjonowaniu
- Analiza ekspresji genów
- Analiza różnicowej ekspresji
- Adnotacja funkcji i analiza wzbogacenia
- Predykcja i adnotacja sRNA
- Analiza struktury transkryptu
POWIĄZANE ARTYKUŁY
Porównanie: Illumina i AVITI→Metatranskryptomika czy Prokaryotic RNAseq? Co wybrać?→Whole Genome Sequencing (WGS)→Whole Exome Sequencing→SLAF-seq→Whole Bacterial/Fungal Genome Sequencing→Czy ten artykuł był pomocny?
Twoja odpowiedź pomaga nam poprawiać bazę wiedzy.
Dziękujemy – to nam pomaga.
Dziękujemy. Czego zabrakło?
Jedno zdanie wystarczy – trafi do osoby, która prowadzi ten artykuł.
Dziękujemy za uwagę.
Polish 
English