Prokaryotic mRNA-seq

Prokaryotic mRNA Sequencing to zaawansowana metoda analizy transkryptomu prokariotów (np. bakterii i archeonów). Polega na sekwencjonowaniu mRNA, co pozwala określić, które geny są aktywne i jak ich ekspresja zmienia się w czasie / warunkach.

Przebieg procesu Prokaryotic mRNA-seq

Zastosowanie Prokaryotic mRNA-seq

Charakterystyka techniczna Prokaryotic mRNA-seq

• Sposób przygotowania bibliotek: usunięcie rybosomalnego RNA z próbki
• Tryb sekwencjonowania: 2x150bp (PE150), stranded
• Sekwenatory: platforma Illumina NovaSeq
• Rekomendowana ilość danych na próbkę:
  • 2Gb na próbkę
  • Dostępne są również inne konfiguracje w zależności od potrzeb klienta.
• Jakość danych: Q30 ≥ 85%
• Rekomendowane wymagania dotyczące próbek:
  • Typ próbki: totale RNA
  • Ilość: > 1500ng
  • Koncentracja (NanoDrop): >100 ng/μL
  • Objętość: >15 μL
  • Czystość (OD260/280): 1.8 - 2.2
  • RIN: >7 
• MINIMALNE wymagania dotyczące próbek:
  • Typ próbki: totale RNA
  • Ilość: > 1000ng
  • Koncentracja (Qubit): >50 ng/μL
  • Objętość: >10 μL
  • Czystość (OD260/280): 1.7 - 2.5
  • RIN: >6.5
  • 5.0 ≥ 28S/18S ≥ 1.0

Możliwa jest również izolacja RNA z dostarczonych próbek. Szczegóły tutaj.

Analiza bioinformatyczna Prokaryotic mRNA-seq

Zaawansowana analiza bioinformatyczna w pakiecie Prokaryotic mRNA-seq obejmuje m.in.:

• Kontrolę jakości danych po sekwencjonowaniu
• Analiza ekspresji genów
• Analiza różnicowej ekspresji
• Adnotacja funkcji i analiza wzbogacenia
• Predykcja i adnotacja sRNA
• Analiza struktury transkryptu