Prokaryotic mRNAseq

Prokaryotic mRNA Sequencing to zaawansowana metoda analizy transkryptomu prokariotów (np. bakterii i archeonów). Polega na sekwencjonowaniu mRNA, co pozwala określić, które geny są aktywne i jak ich ekspresja zmienia się w czasie / warunkach.

Przebieg procesu Prokaryotic mRNAseq

  1. Izolacja RNA: Izolacja RNA z komórek prokariotycznych.
  2. Przygotowanie bibliotek: Zastosowanie metody rybodeplecji aby usunąć rRNA, które stanowi większość RNA w komórce.
  3. Sekwencjonowanie: Wykorzystanie technologii wysokoprzepustowych np. Illumina.
  4. Analiza bioinformatyczna:  Identyfikacja i kwantyfikacja poszczególnych cząsteczek mRNA, analiza ich funkcji oraz analizy zmian ekspresji poszczególnych genów względem pomiędzy próbkami.

Zastosowanie Prokaryotic mRNAseq

  • Badanie mechanizmów regulacji genów w odpowiedzi na warunki środowiskowe.
  • Charakterystyka patogenów i ich zdolności adaptacyjnych.
  • Zrozumienie mikrobiomu i jego wpływu na zdrowie człowieka.
  • Optymalizacja procesów biotechnologicznych w mikroorganizmach inżynierii genetycznej.

Charakterystyka techniczna Prokaryotic mRNAseq

  • Sposób przygotowania bibliotek: usunięcie rybosomalnego RNA z próbki
  • Tryb sekwencjonowania: 2x150bp (PE150)
  • Sekwenatory: platforma Illumina NovaSeq
  • Rekomendowana ilość danych na próbkę:
    • 2Gb na próbkę
    • Dostępne są również inne konfiguracje w zależności od potrzeb klienta.
  • Jakość danych: Q30 ≥ 85%
  • Rekomendowane wymagania dotyczące próbek:
    • Typ próbki: totale RNA
    • Ilość: > 1500ng
    • Koncentracja (NanoDrop): >100 ng/μL
    • Objętość: >15 μL
    • Czystość (OD260/280): 1.8 – 2.2
    • RIN: >7 
  • MINIMALNE wymagania dotyczące próbek:
    • Typ próbki: totale RNA
    • Ilość: > 1000ng
    • Koncentracja (Qubit): >50 ng/μL
    • Objętość: >10 μL
    • Czystość (OD260/280): 1.7 – 2.5
    • RIN: >6.5
    • 5.0 ≥ 28S/18S ≥ 1.0

Możliwa jest również izolacja RNA z dostarczonych próbek. Szczegóły tutaj.

Analiza Bioinformatyczna Prokaryotic mRNAseq

Zaawansowana analiza bioinformatyczna w pakiecie Prokaryotic mRNAseq. obejmuje m.in.:

  • Kontrolę jakości danych po sekwencjonowaniu
  • Analiza ekspresji genów
  • Analiza różnicowej ekspresji
  • Adnotacja funkcji i analiza wzbogacenia
  • Predykcja i adnotacja sRNA
  • Analiza struktury transkryptu
Was this article helpful?

Related Articles

pl_PLPolish