Przygotowanie próbki jest kluczowym etapem każdego badania, pozwalającym na dalsze zgłębianie nauk przyrodniczych i badanie różnic genetycznych w organizmie będącym przedmiotem zainteresowania. W ramach usługi możemy wykonać dla Państwa izolację kwasów nukleinowych z przesłanej tkanki. Dzięki próbkom o wyjątkowej jakości i w wystarczającej ilości Państwa projekty oparte o sekwencjonowanie mogą przebiegać sprawniej i mogą zapewnić bardziej wiarygodne dane do dalszej analizy bioinformatycznej. Wymagania dotyczące próbek w postaci tkanki wymienione poniżej to minimalne objętości wymagane do izolacji. Jeśli to tylko możliwe, zalecamy wysłanie większej ilości materiału.
Sekwencjonowanie mikrobiomu
Mikroby
| Pochodzenie | ILLUMINA | PacBio | ONT |
|---|---|---|---|
| Bakterie | 1 x 107 | ≥ 3.5 x 1010 | ≥ 3.5 x 1010 |
| Unicellular Grzyby | 1 x 107 | ≥ 3.5 x 1010 | ≥ 3.5 x 1010 |
| Makro Grzyby | ≥ 4.0 g | ≥ 10.0 g | ≥ 10.0 g |
Do izolacji można wysłać pellet z kultury, jednak należy go odpowiednio przed wysyłką przygotować. Informacje jak poprawnie przygotować próbki z pelletem zostały opisane tutaj.
Próbki środowiskowe
| TYP | AMPLIKON | NGS - Metagenom | ONT - Metagenom |
|---|---|---|---|
| Gleba | 2 g | 3 g | 5 g |
| Treść jelitowa - zwierzęta | 2 g | 2 g | 3 g |
| Treść jelitowa - owady | 0.25 g | 2 g | 3 g |
| Powierzchnia roślin | Osad wzbogacony 0.5 g | Osad wzbogacony 1 g | 3 g |
| Bulion fermentacyjny | Osad wzbogacony 0.5 g | Osad wzbogacony 0.5 g | - |
| Mikroorganizmy powierzchniowe | Bibuła filtracyjna lub wacik | 5-6 wacików | - |
| Woda/ Powietrze/ Biofilm | Bibuła filtracyjna | 1-2 bibuły filtracyjne | - |
| Skóra/ Wymaz z narządów płciowych/ Ślina/ Tkanka miękka jamy ustnej/ Wymaz z gardła/ Wymaz z odbytu | 2-3 waciki | 2-3 waciki | - |
| Odchody - zwierzęta | 2 g | 2 g | 3 g |
Do izolacji można wysłać filtry po filtracji wody, jednak należy je odpowiednio przygotować. Informacje jak poprawnie przygotować próbki wody zostały opisane tutaj.
De novo genome assembly
| Pochodzenie | Tkanka | Badanie wstępne - Illumina | PacBio | Hi-C |
|---|---|---|---|---|
| Zwierzęta | Trzewia | 1 g | ≥ 4 g | ≥ 2.0 g |
| Mięśnie | 1 g | ≥ 5 g | ≥ 2.0 g | |
| Krew ssaków* | 1 g | ≥ 5 ml | ≥ 2 mL | |
| Krew ryb/drobiu* | 1 g | ≥ 1 ml | ≥ 2 mL | |
| Rośliny | Świeże liście | 2 g | ≥ 5 g | ≥ 4.0 g |
| Płatki / łodygi | 2 g | ≥ 10 g | - | |
| Korzenie / nasiona | 2 g | ≥ 20 g | - | |
| Komórki | Kultura komórka | - | ≥ 1 x 108 | ≥ 1 x 107 |
Genetyka populacyjna
| Pochodzenie | Tkanka | WGS - Illumina | WGS -ONT | SLAF-seq |
|---|---|---|---|---|
| Zwierzęta | Trzewia | 1 g | ≥ 4 g | ≥ 0.5 g |
| Mięśnie | 1 g | ≥ 5 g | ≥ 0.5 g | |
| Krew ssaków* | 1.5 ml | ≥ 5 ml | 1.5 ml | |
| Krew ryb/drobiu* | 1.5 ml | ≥ 1 ml | 1.5 ml | |
| Rośliny | Świeże liście | 2 g | ≥ 5 g | 1 g |
| Płatki / łodygi | 2 g | ≥ 10 g | 1 g | |
| Korzenie / nasiona | 2 g | ≥ 20 g | 1 g | |
| Komórki | Kultura komórek | - | ≥ 1 x 108 | - |
Sekwencjonowanie transkryptomu
| Pochodzenie | TKANKA | NGS | TGS | Lnc-RNA | small-RNA |
|---|---|---|---|---|---|
| Zwierzęta | Serce / jelito | 350 mg | 350 mg | 500 mg | 500 mg |
| Wnętrzności / mózg | 250 mg | 250 mg | 250 mg | 250 mg | |
| Mięśnie | 500 mg | 500 mg | 600 mg | 600 mg | |
| Kości / włosy / skóra | 1 g | 1 g | 1.5 g | 1.5 g | |
| Rośliny | Korzenie / płatki / łodygi | 500 mg | 600 mg | 600 mg | 600 mg |
| Liście / nasiona | 350 mg | 350 mg | 350 mg | 350 mg | |
| Owoce | 1.5 g | 1.5 g | 1.5 g | 1.5 g | |
| Komórki | Kultura komórek | 3 x 106 | 3 x 106 | 3 x 106 | 3 x 106 |
| Stawonogi | Owady | 6 | 6 | 9 | 9 |
| Skorupiaki | 350 mg | 350 mg | 500 mg | 500 mg | |
| Pełna krew* | Krew* | 1 probówka | 1 probówka | 2 probówki | 2 probówki |
| Surowica | - | - | 6 ml | 6 ml | |
| Osocze | - | - | 6 ml | 6 ml |
W wyjątkowych sytuacjach, jeśli materiał w projekcie wymaga specjalnych wymagań/innych (np. mniejsza ilość) niż podane powyżej, istnieje możliwość indywidualnego dostosowania ich do wymagań klienta po wcześniejszym uzgodnieniu z Zespołem Wsparcia.
W sytuacji samodzielnej izolacji DNA / RNA obowiązują wymagania dot. próbek stawiane kwasom nukleinowym.
* Krew stanowi wyjątkowo wrażliwy materiał ze względu na zdolność do koagulacji. Celem zabezpieczenia Państwa materiału na czas transportu prosimy o przygotowanie próbek krwi zgodnie z procedurą dot. przygotowania krwi.