Small RNA-seq

Small RNA-seq (ang. small RNA sequencing) to technika służąca do identyfikacji i analizy małych cząsteczek RNA (o długości zwykle 18-30 nukleotydów), takich jak mikroRNA (miRNA), małe interferujące RNA (siRNA) czy piRNA (ang. piwi interacting).

Przebieg procesu small RNA-seq

Zastosowanie small RNA-seq

Technika ta pozwala lepiej zrozumieć rolę małych RNA w biologii komórki i ich potencjalne zastosowania terapeutyczne.

Charakterystyka techniczna small RNA-seq

• Sposób przygotowania bibliotek: usunięcie rybosomalnego RNA z próbki, a następnie wyselekcjonowanie frakcji krótkich RNA.
• Tryb sekwencjonowania: 1x50bp (SE50)
• Sekwenatory: platformy Illumina
• Rekomendowana ilość danych na próbkę:
  • 10M odczytów na próbkę
  • 20M odczytów na próbkę
  • Dostępne są również inne konfiguracje w zależności od potrzeb klienta.
• Jakość danych: Q30 ≥ 85%
• Rekomendowane wymagania dotyczące próbek:
  • Typ próbki: total RNA z frakcją małych RNA
  • Ilość: > 2000ng
  • Koncentracja (NanoDrop): >100 ng/μL
  • Objętość: >10 μL
  • Czystość (OD260/280): 1.8 - 2.2
  • RIN: >7
• MINIMALNE wymagania dotyczące próbek:
  • Typ próbki: total RNA
  • Ilość: > 500ng
  • Koncentracja (Qubit): >80 ng/μL
  • Objętość: >10 μL
  • Czystość (OD260/280): 1.7 - 2.5
  • RIN: >6.5
  • 5.0 ≥ 28S/18S ≥ 1.0

Możliwa jest również izolacja RNA z dostarczonych próbek. Szczegóły tutaj.

Analiza bioinformatyczna small RNA-seq

Zaawansowana analiza bioinformatyczna w pakiecie small RNA-seq. obejmuje m.in.:

• Kontrolę jakości danych po sekwencjonowaniu
• Adnotacja ncRNA i powtarzających się sekwencji oraz mapowanie do genomu referencyjnego
• Identyfikacja miRNA znanych i nowych
• Zaproponowanie prekursorów nowych miRNA przez miRDeep2
• Rozkład ekspresji miRNA
• Identyfikacja i adnotacja genów docelowych miRNA
• Adnotacja KEGG genów targetowych cząsteczek miRNA o zróżnicowanej ekspresji