Data ze sekvenování jsou předávána jako komprimované soubory FASTQ ve formátu .gz . Jedná se o standardní formát souborů běžně používaný v bioinformatice.
Tato forma usnadňuje stahování dat, zmenšuje jejich velikost a umožňuje bezpečné a efektivní ukládání. Po stažení lze tyto soubory dekomprimovat pomocí standardních nástrojů dostupných v operačních systémech Linux, macOS a Windows.
Výstupní soubory mohou zahrnovat mimo jiné surová data ve formátu FASTQ, komplexní výsledky bioinformatických analýz (např. soubory VCF, BAM) a zprávy o kontrole kvality (QC).
Standardně se data předávají v podobě surových čtení, tzv. raw reads, ale na žádost zákazníka můžeme dodat data v podobě vyčištěných čtení, tzv. clean reads.
Pro získání clean reads se surová čtení zpracovávají tak, aby byla odstraněna čtení s nízkou kvalitou, a provádí se trimování, tj. odstraňování sekvencí adaptérů použitých při sekvenování z jednotlivých čtení.
Informace o sekvencích adaptérů použitých v projektu najdete ve zprávách zpřístupněných společně s výsledky.