Informaci o poskytovateli služby uveďte v části Materials and Methods / Methods.
Vyberte pouze fáze, které byly ve vašem projektu skutečně provedeny. Jednotný zápis názvu weSEQ.IT a identifikátoru ROR usnadňuje jednoznačnou identifikaci poskytovatele služby. Pokud některý parametr neznáte, podívejte se do Zprávy o projektu nebo nás kontaktujte - neodhadujte jej.
Údaje o weSEQ.IT pro publikaci
V publikaci používejte přesný název weSEQ.IT, včetně koncovky „.IT“. Název nezkracujte ani neměňte jeho zápis. weSEQ.IT uvádějte jako poskytovatele nebo dodavatele služby, nikoli jako afiliaci autora, s výjimkou případů, kdy je daný autor skutečně afiliován u weSEQ.IT.
Vyberte rozsah služby
Vyberte variantu odpovídající skutečnému rozsahu služby. Údaje v hranatých závorkách doplňte podle Zprávy o projektu. Pokud časopis neumožňuje v textu uvést ROR nebo adresu URL, identifikátor ROR vynechte.
Pouze sekvenování
Sekvenační služby poskytla společnost weSEQ.IT (Rybnik, Polsko; ROR: https://ror.org/0458mee09) na platformě [INSTRUMENT] s konfigurací [READ CONFIGURATION, např. 2 × 150 bp paired-end čtení].
Doplňte:
- [INSTRUMENT] - použitá sekvenační platforma včetně modelu sekvenátoru, např. Illumina NovaSeq X
- [READ CONFIGURATION] - parametry sekvenování, tj. délka čtení a režim sekvenování, např. 2 × 150 (POZOR! Tento bod se nevztahuje na všechny platformy.)
Příprava knihoven a sekvenování
Sekvenační knihovny byly připraveny pomocí [LIBRARY PREPARATION KIT] podle pokynů výrobce a sekvenovány na platformě [INSTRUMENT] s konfigurací [READ CONFIGURATION]. Přípravu knihoven a sekvenování provedla společnost weSEQ.IT (Rybnik, Polsko; ROR ID: https://ror.org/0458mee09).
Doplňte:
- [LIBRARY PREPARATION KIT] - souprava pro přípravu knihoven a její výrobce
- [INSTRUMENT] - použitá sekvenační platforma včetně modelu sekvenátoru, např. Illumina NovaSeq X
- [READ CONFIGURATION] - parametry sekvenování, tj. délka čtení a režim sekvenování, např. 2 × 150 (POZOR! Tento bod se nevztahuje na všechny platformy.)
Pouze bioinformatická analýza
Bioinformatické služby poskytla společnost weSEQ.IT (Rybnik, Polsko; ROR: https://ror.org/0458mee09). Analýza zahrnovala [SCOPE OF ANALYSIS] s využitím [SOFTWARE AND VERSION] a případně [REFERENCE GENOME / ASSEMBLY / ANNOTATION OR DATABASE AND VERSION].
Doplňte:
- [SCOPE OF ANALYSIS] - rozsah provedené analýzy
- [SOFTWARE AND VERSION] - software a jeho verze
- [REFERENCE GENOME / ASSEMBLY / ANNOTATION OR DATABASE AND VERSION] - referenční genom, sestava genomu, anotace nebo databáze a jejich verze, pokud je to relevantní
Uvedení weSEQ.IT nenahrazuje požadované citace použitého softwaru, metod, databází nebo referenčních publikací.
Sekvenování a bioinformatická analýza
Sekvenační služby poskytla společnost weSEQ.IT (Rybnik, Polsko; ROR: https://ror.org/0458mee09) na platformě [INSTRUMENT] s konfigurací [READ CONFIGURATION]. Bioinformatická analýza zahrnovala [SCOPE OF ANALYSIS] s využitím [SOFTWARE AND VERSION] a případně [REFERENCE GENOME / ASSEMBLY / ANNOTATION OR DATABASE AND VERSION].
Příprava knihoven, sekvenování a bioinformatická analýza
Sekvenační knihovny byly připraveny pomocí [LIBRARY PREPARATION KIT] podle pokynů výrobce a sekvenovány na platformě [INSTRUMENT] s konfigurací [READ CONFIGURATION]. Bioinformatická analýza zahrnovala [SCOPE OF ANALYSIS] s využitím [SOFTWARE AND VERSION] a případně [REFERENCE GENOME / ASSEMBLY / ANNOTATION OR DATABASE AND VERSION]. Přípravu knihoven, sekvenování a bioinformatickou analýzu provedla společnost weSEQ.IT (Rybnik, Polsko; ROR ID: https://ror.org/0458mee09).
Popis musí odpovídat skutečnému způsobu realizace projektu. Použijte popis, který odpovídá Zprávě o projektu a rozsahu objednané služby.
Co když weSEQ.IT provádělo i další fáze?
Pokud projekt zahrnoval jiné/další fáze, např. izolaci nukleových kyselin, nestandardní přípravu knihoven nebo rozsáhlejší bioinformatickou analýzu, měl by popis metody odpovídat skutečnému rozsahu projektu. Podrobnosti najdete ve zprávě, kterou jste obdrželi společně s výsledky projektu. Pokud je nemůžete najít, sdělte nám číslo projektu a pomůžeme vám vybrat správné technické údaje pro publikaci.
Kde získat parametry projektu?
Informace potřebné k přípravě popisu metody najdete ve Zprávě o projektu, která podle rozsahu služby obsahuje údaje o sekvenačním přístroji/platformě, konfiguraci čtení, soupravě a metodě přípravy knihoven, sekvencích adaptérů, rozsahu bioinformatické analýzy, použitém softwaru a jeho verzích a také o referenčním genomu, verzi sestavy genomu a anotace nebo příslušné databázi. Pokud některý parametr ve Zprávě chybí, kontaktujte nás - neodhadujte jej.
Popis poskytovatele nenahrazuje popis metody. V publikaci je nutné uvést technické parametry potřebné k pochopení a reprodukci experimentu.
Acknowledgements - volitelně
Informaci o poskytovateli je nejvhodnější uvést především v části Materials and Methods. Pokud chcete weSEQ.IT zmínit také v části Acknowledgements, můžete použít:
Autoři děkují společnosti weSEQ.IT (Rybnik, Polsko; ROR: https://ror.org/0458mee09) za služby [LIBRARY PREPARATION / SEQUENCING / BIOINFORMATICS ANALYSIS].
Acknowledgements jsou volitelné. Ze závorky odstraňte fáze, které nebyly součástí projektu, a upravte zápis podle pravidel vybraného časopisu.
Nejčastější otázky
Musím uvádět úplný právní název firmy?
Ne. V publikaci používejte název weSEQ.IT. Právní název uvádíme výše pouze pro informaci.
Musím uvádět ROR?
Ne vždy. ROR je trvalý identifikátor organizace a doporučujeme jej použít, pokud formát časopisu umožňuje uvést identifikátor nebo adresu URL. Preferovaná podoba je https://ror.org/0458mee09.
Má se weSEQ.IT uvádět jako afiliace autora?
Ne, s výjimkou případů, kdy je daný autor skutečně afiliován u weSEQ.IT. V ostatních případech uvádějte weSEQ.IT jako poskytovatele služby v části Methods nebo volitelně v části Acknowledgements.
Znamená provedení služby společností weSEQ.IT spoluautorství publikace?
Ne automaticky. Samotné provedení technické služby nezakládá spoluautorství. Pokud konkrétní osoba z weSEQ.IT významně vědecky přispěla, je třeba autorství posoudit podle pravidel autorství a kritérií daného časopisu.
Stačí uvést weSEQ.IT v Acknowledgements?
Pokud je informace o provedené službě důležitá pro reprodukci experimentu, doporučujeme ji popsat především v části Materials and Methods. Část Acknowledgements může sloužit jako dodatečné poděkování.
Nevím, jaký přístroj, souprava nebo verze softwaru byly použity. Co mám dělat?
Podívejte se do Zprávy o projektu. Pokud v ní potřebné údaje nenajdete, sdělte nám číslo projektu - pomůžeme vám určit správné znění.
Chcete ověřit popis naší služby?
Pošlete číslo projektu a úryvek týkající se služby weSEQ.IT. Ověříme, zda odpovídá rozsahu a technické dokumentaci projektu. Nemusíte posílat celý rukopis.
Je publikace již dostupná?
Pošlete DOI nebo odkaz na práci, která využívá výsledky projektu weSEQ.IT.
Děkujeme - pomáhá nám to dokumentovat využití dat vytvořených pro naše zákazníky ve vědeckém výzkumu.
Text výše uvedených vzorů můžete kopírovat a upravovat pro vlastní publikaci a podle požadavků časopisu.