Analýzy umožňující porozumět epigenetickým modifikacím a jejich vlivu na regulaci genů. Epigenetika je věda zabývající se dědičnými změnami aktivity genů způsobenými jinými mechanismy než změnami sekvence DNA. Epigenetická analýza může zahrnovat studium změn v metylaci DNA, interakcí DNA-protein, přístupnosti chromatinu, modifikací histonů a dalších jevů.
V našem katalogu služeb najdete:
- WGBS (angl. Whole Genome Bisulfite Sequencing) umožňuje identifikovat metylované cytoziny v celém genomu s rozlišením na úrovni jednotlivých nukleotidů, což je nezbytné pro pochopení genové exprese a řady biologických procesů podléhajících epigenetické regulaci.
- ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin Sequencing) je moderní epigenomická metoda umožňující identifikovat oblasti otevřeného chromatinu v celém genomu. Technika využívá hyperaktivní transpozázu Tn5, která současně štěpí DNA a připojuje sekvenační adaptéry k přístupným oblastem chromatinu. Díky tomu lze mapovat regulační prvky genomu, jako jsou promotory, enhancery či vazebná místa transkripčních faktorů.
- Hi-C seq je genomická technika sloužící ke studiu trojrozměrné organizace genomu. Umožňuje identifikovat oblasti DNA, které se v prostoru buněčného jádra nacházejí blízko sebe, přestože jsou v lineární sekvenci genomu od sebe vzdálené. Metoda spočívá ve fixaci přirozených kontaktů mezi fragmenty chromatinu, spojení prostorově sousedících fragmentů DNA a jejich sekvenování. Díky tomu lze vytvářet mapy chromozomových interakcí, identifikovat chromatinové smyčky (chromatin loops), domény TAD (Topologically Associating Domains) a analyzovat organizaci genomu ovlivňující regulaci genové exprese.
Kterou službu zvolit?
Chcete analyzovat metylaci DNA?
Zvolte celogenomové bisulfitové sekvenování. Metoda umožňuje identifikovat metylované cytoziny v celém genomu s rozlišením na úrovni jednotlivých nukleotidů.
Chcete identifikovat oblasti otevřeného chromatinu?
Zvolte ATAC-seq. Metoda umožňuje mapovat přístupné oblasti chromatinu a identifikovat potenciálně aktivní regulační prvky genomu.
Chcete prozkoumat trojrozměrnou organizaci genomu?
Zvolte sekvenování Hi-C pro analýzu prostorových kontaktů mezi fragmenty chromatinu, domén organizace genomu a chromatinových smyček.
Potřebujete sestavit genom na úrovni chromozomů?
Data Hi-C lze využít ke scaffoldingu v projektech sestavování genomů de novo. Umožňují přiřazovat, orientovat a uspořádávat sekvence v rámci jednotlivých chromozomů.
Propojte různé vrstvy regulace
Epigenomická data lze integrovat s výsledky RNA-seq, analýzou genové exprese, anotací genomu a dalšími typy omických dat.
Propojení informací o metylaci DNA, přístupnosti chromatinu a genové expresi umožňuje lépe porozumět mechanismům regulace transkripce. Integrace dat Hi-C s výsledky ATAC-seq a RNA-seq pak umožňuje analyzovat vztahy mezi prostorovou organizací genomu, aktivitou regulačních prvků a změnami genové exprese.
Naplánujte epigenomický projekt
Volba vhodné metody závisí na zkoumaném regulačním mechanismu, druhu materiálu, velikosti genomu a požadovaném rozlišení analýzy. Sdělte nám informace o organismu, typu vzorků, počtu experimentálních skupin a cíli studie a my vám pomůžeme zvolit vhodnou technologii a rozsah analýzy dat.
VYPLŇTE SPECIFIKACI PROJEKTU → zde
Nejste si jisti, která metoda bude nejvhodnější? Vyplňte dostupné informace a uveďte, že potřebujete pomoc s plánováním experimentu.
DOMLUVTE SI KONZULTACI → zde
Vybrané realizované projekty a publikace našich zákazníků
Podívejte se, pro které instituce provádíme sekvenování NGS a v jakých publikacích byla využita námi dodaná data.