Metody jednobuněčné a prostorové omiky umožňují zkoumat složité biologické systémy s rozlišením, kterého nelze dosáhnout klasickým sekvenováním celých tkání nebo buněčných populací. Místo průměrného výsledku za celý vzorek umožňují analyzovat jednotlivé buňky nebo buněčná jádra, identifikovat rozdíly mezi nimi a určovat jejich polohu a vzájemné vztahy v tkáni.
Tyto metody nacházejí uplatnění mimo jiné ve vývojové biologii, onkologii, imunologii, neurologii, biologii rostlin, výzkumu regenerace tkání a analýze buněčné odpovědi na faktory prostředí, léčbu nebo jiné experimentální podmínky.
10x Genomics RNA-seq
Jednobuněčné sekvenování RNA (scRNA-seq), tedy sekvenování RNA jednotlivých buněk, umožňuje analyzovat genovou expresi samostatně pro každou buňku nebo každé buněčné jádro. V technologii 10x Genomics se biologický materiál rozděluje pomocí mikrofluidního systému a molekuly RNA získávají jedinečné značky, které umožňují přiřadit sekvenační čtení k buňce, ze které pocházejí.
10x Genomics ATAC-seq
Jednobuněčné ATAC-seq umožňuje analyzovat přístupnost chromatinu v jednotlivých buněčných jádrech. Metoda umožňuje určit, které oblasti genomu mají otevřenou strukturu chromatinu a mohou se podílet na regulaci aktivity genů. Technologie 10x Genomics umožňuje současně zkoumat profil přístupnosti chromatinu v tisících jader přítomných v jednom vzorku.
Prostorová transkriptomika
Prostorová transkriptomika umožňuje analyzovat genovou expresi při zachování informace o poloze zkoumaného signálu v tkáni. Na rozdíl od klasického RNA-seq a většiny metod jednobuněčného RNA-seq se vzorek neanalyzuje výhradně jako suspenze izolovaných buněk. Výsledky genové exprese lze promítnout do mikroskopického snímku tkáňového řezu, což umožňuje propojit molekulární data s jeho strukturou a morfologií.
Rozlišení analýzy závisí na použité technologii a může zahrnovat oblasti obsahující několik buněk, jednotlivé buňky a u vybraných řešení také lokalizaci signálu na subbuněčné úrovni.
Kterou metodu zvolit?
Výběr vhodné metody závisí především na výzkumné otázce:
Tyto metody lze používat samostatně nebo je integrovat v rámci jednoho projektu. Propojení transkriptomických, epigenomických a prostorových dat umožňuje komplexně charakterizovat typy buněk, jejich funkční stavy, mechanismy regulace genů a organizaci zkoumaného biologického systému.
Chcete-li zjistit ceny nabízených služeb, doporučujeme vyplnit formulář specifikace projektu a/nebo si přečíst článek o cenové nabídce služeb.