Metody sekvenování

Amplicon Seq, nebo shotgun metagenomika? Kterou metodu zvolit?

Porovnejte Amplicon Seq a shotgun metagenomiku: rozsah služeb, využití, podobnosti a rozdíly, abyste mohli informovaně zvolit metodu odpovídající cíli výzkumu.

mRNA-seq, nebo sekvenování celkové RNA? Kterou metodu zvolit?

Seznamte se s hlavními rozdíly mezi mRNA-seq se selekcí poly(A) a sekvenováním celkové RNA s deplecí rRNA, jejich využitím a rozsahem analyzovaných transkriptů, abyste mohli zvolit metodu přípravy knihoven, která nejlépe odpovídá cíli výzkumu a typu biologického materiálu.

Illumina, PacBio nebo Oxford Nanopore? Kterou technologii zvolit?

Seznamte se s hlavními rozdíly mezi sekvenačními technologiemi Illumina, PacBio HiFi a Oxford Nanopore, jejich využitím a analytickými možnostmi, abyste mohli zvolit platformu nebo hybridní přístup, který nejlépe odpovídá cíli výzkumu, požadavkům na kvalitu a rozpočtu projektu.

Sestavování genomu de novo - Illumina, PacBio, Nanopore nebo hybridní přístup?

Zjistěte, kterou sekvenační technologii zvolit pro sestavování genomu de novo: Illumina, PacBio HiFi, Oxford Nanopore, nebo hybridní přístup, a jak tato volba ovlivňuje kvalitu, úplnost a náklady na získání genomové sekvence.

WGS, WES nebo genový panel? Kterou metodu zvolit?

Seznamte se s hlavními rozdíly mezi WGS, WES a sekvenováním genových panelů, jejich využitím a možnostmi detekce genetických variant, abyste mohli zvolit metodu, která nejlépe odpovídá cíli výzkumu, požadované citlivosti a rozpočtu projektu.

Metatranskriptomika ve výzkumu aktivity mikrobiomu

Seznamte se s hlavními rozdíly mezi metagenomikou a metatranskriptomikou, jejich využitím a analytickými možnostmi, abyste mohli zvolit metodu sekvenování, která nejlépe odpovídá cíli vašeho výzkumu.

Jakou hloubku pokrytí WGS zvolit: 0,5×, 5×, 15×, 30× nebo 100×?

Porovnejte hloubky pokrytí WGS 0,5×, 5×, 15×, 30× a 100× a zjistěte, jak zvolit vhodnou hloubku podle cíle výzkumu, množství dat a kvality materiálu.

Celogenomové sekvenování WGS celogenomové sekvenování

Celogenomové sekvenování je pokročilá metoda sekvenování, která umožňuje určit úplnou sekvenci genomu organismu.

Celogenomové sekvenování člověkaWGS rostlin a živočichůWGS bakterií a hub

Celoexomové sekvenování WES sekvenování celého exomu

Celoexomové sekvenování, tedy sekvenování celého exomu, je metoda umožňující analýzu oblastí kódujících proteiny, exonů a přilehlých sekvencí.

Genotypizace & sekvenování redukované reprezentace genomu genotypizace a sekvenování reprezentativních fragmentů genomu

Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing SLAF-seq

Sekvenování mRNA mRNA-seq sekvenování mRNA

Frakce mRNA s poly(A) konci. Zvolte ji, pokud vás zajímá genová exprese.

Sekvenování celkové RNA total RNA-seq sekvenování s deplecí rRNA

Po odstranění ribozomální RNA zůstávají v datech mRNA, lncRNA a circRNA.

Sekvenování malých RNA small RNA-seq sekvenování krátkých RNA

Sekvenování transkriptomu v plné délce transkripty v plné délce

Čtení transkriptů v celé jejich délce, díky němuž rozlišíte izoformy vznikající ze stejného genu.

Sekvenování prokaryotické RNA RNA-seq transkriptom prokaryot

Analýza genové exprese u bakterií s deplecí rRNA přizpůsobenou prokaryotickému materiálu.

Celogenomové bisulfitové sekvenování WGBS metylace DNA

Čtení metylace DNA v celém genomu s rozlišením na úrovni jednotlivých bází.

Assay for Transposase-Accessible Chromatin with Sequencing ATAC-seq přístupnost chromatinu

Mapování otevřených oblastí chromatinu, tedy míst, v nichž je genom přístupný faktorům regulujícím genovou expresi.

High-Throughput Chromosome Conformation Capture Hi-C prostorová organizace genomu

Analýza prostorových kontaktů v genomu: které úseky DNA se v buněčném jádře nacházejí blízko sebe.

ChIP-seq

Zjistěte, jak identifikovat vazebná místa proteinů na DNA, analyzovat modifikace histonů a jaké vzorky, parametry sekvenování a analýzy služba zahrnuje.

Sekvenování amplikonů sekvenování amplikonů

Cílené sekvenování amplikonů genu pro 16S rRNA a oblasti vnitřního transkribovaného mezerníku (ITS)Sekvenování amplikonů genu pro 16S rRNA a oblasti ITS v plné délce

Shotgun metagenomické sekvenování shotgun metagenomika

Metatranskriptomické sekvenování

Zjistěte, jak analyzovat genovou expresi mikrobiálních společenstev a jaké vzorky, parametry sekvenování a analýzy služba zahrnuje.

Jednobuněčné sekvenování RNA 10x Genomics scRNA-seq exprese v jednotlivých buňkách

Jednobuněčné ATAC-seq 10x Genomics scATAC-seq přístupnost chromatinu v jednotlivých buňkách

Prostorová transkriptomika ST prostorová transkriptomika

Sekvenování knihoven (předem připravené knihovny)

Pro výzkumníky, kteří si knihovny NGS připravují sami a potřebují pouze sekvenování.