Abychom vyhověli vašim potřebám, nabízíme také bioinformatickou analýzu získaných výsledků přizpůsobenou provedenému sekvenování, výchozímu materiálu a stanoveným výzkumným hypotézám.
Co je bioinformatická analýza?
Bioinformatická analýza je účinný nástroj pro interpretaci sekvenačních dat. Samotné sekvenování generuje obrovské množství dat v podobě čtení tvořených sekvencemi párů bází. Vhodné využití různých bioinformatických nástrojů umožňuje odhalit cenné informace skryté v surových sekvenačních datech, například:
ROZSAH BIOINFORMATICKÉ ANALÝZY4 analýzy
Identifikace genů a jejich variantbioinformatická analýza umožňuje například identifikovat aktivní geny ve zkoumaném materiálu/vzorku a také odhalit genetické varianty, jako jsou mutace, polymorfismy a změny počtu kopií.
Genová expreseanalýzou transkriptomu: RNA-seq a využitím bioinformatických nástrojů můžeme stanovit úroveň genové exprese za různých podmínek, porovnat genovou expresi mezi vzorky a také analyzovat, jak se exprese mění v průběhu zkoumaného procesu. Vše závisí na zvoleném přístupu k sekvenování a následné bioinformatické analýze, proto je pro správné naplánování experimentu velmi důležité definovat konkrétní potřeby / hypotézy /otázky ještě před objednáním služby.
Struktura a funkce genomuBioinformatická analýza může pomoci objasnit strukturu a funkci genomu, včetně identifikace regulačních elementů a oblastí kódujících proteiny. Bioinformatickou analýzu genomu lze provést po celogenomovém sekvenování, tedy Whole Genome Sequencing - WGS, které umožňuje také sestavování (anglicky assembly) genomů de novo u organismů, pro něž není k dispozici osekvenovaný referenční genom.
Identifikace mikroorganismůvyužití sekvenování Amplicon Seq 16Sr/ITS spolu s bioinformatickou analýzou umožňuje identifikovat konkrétní skupiny mikroorganismů, tedy bakterií a hub, ve zkoumaném materiálu. Tento přístup k analýze složení mikrobiomu našel široké uplatnění v medicíně, zemědělství a ochraně životního prostředí.
Každá naše služba sekvenování ve weSEQ.IT zahrnuje základní bioinformatickou analýzu, jejíž součástí je analýza kvality dat po sekvenování.
Na přání zákazníka můžeme v ceně služby sekvenování provést také:
Ořezání sekvencí adaptérů - odstranění sekvencí adaptérů použitých při sekvenování ze surových čtení;
Předání výsledků v podobě vyčištěných dat (tzv. clean reads)
Pokročilábioinformatická analýza (za příplatek): liší se podle zvoleného typu sekvenování a lze ji přizpůsobit potřebám projektu, přičemž může zahrnovat mimo jiné:
Studium struktury a funkce genomu, sestavení genomu (angl. Genome Assembly, také s možností 0-gap) spolu s detekcí SNP a indelů na základě sekvenování WGS
Identifikaci SNP/indelů a nových genů i jejich různých variant; analýzu diferenciální genové exprese (DEGs) a funkční analýzu genů se změněnou expresí (GO) na základě sekvenování transkriptomuRNA-seq.
Identifikaci nových malých molekul RNA, analýzu změn exprese smallRNA a anotaci a funkční analýzu cílových genů analyzovaných sRNA na základě sekvenování malých RNA.
Analýzu operačních taxonomických jednotek (OTU), druhového zastoupení a alfa a beta diverzity včetně porovnání mezi vzorky jako součást bioinformatické analýzy sekvenování Amplicon Seq16S rRNA.
Proč využít naše služby bioinformatické analýzy?
Výsledky bioinformatických analýz vám předáme v podobě připravené k použití v publikaci:
tabulek,
grafů,
teplotních map,
schémat,
podrobných popisů použitých nástrojů a metod.
Analýzu pro vás provede zkušený tým bioinformatiků;
Díky vyvinutým a ověřeným analytickým postupům zaručujeme rychlou, důkladnou a spolehlivou analýzu;
Konkurenceschopné ceny;
Nabízíme možnost přizpůsobit analýzu individuálním potřebám.
Výsledky zaslané v podobě tabulek a textových souborů jsou upravitelné, abyste se k nim mohli kdykoli vrátit a získat z nich data, která vás právě zajímají.
Very-long chain fatty acids increase cell membrane thickness and impair mitochondrial function of aortic smooth muscle cells: implications for early vascular ageing
S ohledem na důvěrnost spolupráce s našimi zákazníky uvádíme pouze vybrané projekty realizované pro veřejný sektor, na které se nevztahují dohody o mlčenlivosti (NDA).
Používáme nezbytné soubory cookie a s vaším souhlasem také analytické nástroje Google Analytics 4 a Microsoft Clarity. Pomáhají nám pochopit, jak uživatelé používají web a formulář, abychom je mohli zlepšovat. Podrobnosti najdete vS vaším souhlasem používáme Google Analytics 4 a Microsoft Clarity ke zlepšování webu a formuláře. Podrobnosti vZásadách ochrany osobních údajů.
