MIKROBIOM & METAGENOMIKA

Výzkum mikrobiomu umožňuje určit, které mikroorganismy se vyskytují v analyzovaném vzorku, jaká je struktura jejich společenstva a jak se liší mezi zkoumanými podmínkami, prostředími nebo skupinami vzorků. V závislosti na cíli projektu může analýza zahrnovat cílené sekvenování taxonomických markerů, jako je gen 16S rRNA, gen 18S rRNA nebo oblast ITS, případně komplexní sekvenování veškeré DNA přítomné ve vzorku metodou shotgun metagenomiky. Nabízíme řešení pro analýzu mikrobiomu bakterií, archeí, hub a dalších eukaryotických mikroorganismů. Pomůžeme vám zvolit vhodný marker, oblast amplifikace, technologii sekvenování, požadované množství dat a rozsah bioinformatické analýzy podle typu vzorku a cíle výzkumu.

Vyberte si službu, která vás zajímá, a seznamte se s požadavky na materiál, dostupnými variantami sekvenování a možným rozsahem analýzy dat.

• Cílené sekvenování amplikonů, které zahrnuje:
  0116S rRNA - pro studie zaměřené na analýzu bakteriálního genomu. Lze zvolit amplifikaci konkrétních oblastí, přičemž nejčastější volbou je kombinace V3+V4. Je možné analyzovat oblasti od V1 do V9. Sekvenování 16S v plné délce, tedy všech oblastí od V1 do V9 současně, je možné na platformě PacBio.

  0218S rRNA - využívá se především pro taxonomické studie hub s vysokým rozlišením. Zásadní rozdíl mezi 16S a 18S rRNA spočívá v tom, že 16S rRNA je součástí podjednotky 30S prokaryotických ribozomů, zatímco 18S rRNA je součástí podjednotky 40S eukaryotických ribozomů.

  03ITS - oblast široce využívaná k analýze diverzity hub v environmentálních vzorcích. Lze zvolit analýzu oblasti ITS1 nebo ITS2, případně celého úseku ITS1+ITS2.
• Shotgun metagenomika - poskytuje informace o veškeré genomové DNA všech organismů ve vzorku, čímž odpadá nutnost izolace a kultivace mikroorganismů nebo amplifikace cílových oblastí. To má zásadní význam, protože se předpokládá, že téměř 99 % všech mikroorganismů nelze v laboratoři kultivovat. Shotgun metagenomické sekvenování poskytuje nejen informace o taxonomických anotacích jednotlivých organismů, ale také o funkčním profilování, predikci genů a mikrobiálních interakcích.

Kterou službu zvolit?

Chcete porovnat složení mikrobiomu ve více vzorcích?

Zvolte cílené sekvenování amplikonů. Jedná se o cílené řešení určené k profilování vybraných skupin mikroorganismů a porovnávání struktury společenstev.

Analyzujete bakterie nebo archea?

Zvolte sekvenování genu 16S rRNA. Můžete se rozhodnout pro analýzu vybrané variabilní oblasti nebo pro sekvenování genu v plné délce.

Analyzujete společenstva hub?

Zvolte sekvenování amplikonů oblasti ITS. V závislosti na požadovaném rozlišení může analýza zahrnovat oblast ITS1, ITS2 nebo celý úsek ITS.

Potřebujete přesnější taxonomickou identifikaci?

Zvažte sekvenování amplikonů genu pro 16S rRNA a oblasti ITS v plné délce, které využívá delší markerové sekvence a může zvýšit rozlišení klasifikace mikroorganismů.

Chcete poznat také funkční potenciál mikrobiomu?

Zvolte shotgun metagenomické sekvenování. Tato metoda umožňuje analyzovat veškerou DNA přítomnou ve vzorku, aniž by se výzkum omezoval na jediný taxonomický marker.

Sekvenování amplikonů, nebo shotgun metagenomika?

Sekvenování amplikonů - Sekvenování amplikonů je vhodné, pokud je hlavním cílem projektu určit složení vybrané skupiny mikroorganismů a porovnat diverzitu společenstev mezi vzorky. Metoda vyžaduje výběr vhodného markeru a oblasti amplifikace. Získané výsledky se týkají především relativního taxonomického profilu, zatímco funkční analýza je omezená nebo prediktivní.

Shotgun metagenomické sekvenování - Shotgun metagenomika umožňuje analyzovat všechny dostupné frakce DNA ve vzorku bez použití primerů cílených na jediný marker. Poskytuje širší spektrum informací, které zahrnuje taxonomické složení, geny, metabolické dráhy a potenciální funkční vlastnosti společenstva. Vyžaduje však větší množství dat a rozsáhlejší bioinformatickou analýzu.

Naplánujte si projekt

Výběr vhodné metody závisí na typu vzorku, zkoumané skupině mikroorganismů, požadovaném taxonomickém rozlišení a na tom, zda je cílem projektu pouze analýza složení společenstva, nebo také jeho funkčního potenciálu.

Sdělte nám typ materiálu, počet vzorků, zkoumaný mikrobiom a cíl projektu a my vám pomůžeme zvolit vhodný marker, technologii sekvenování a rozsah analýzy dat.

VYPLŇTE SPECIFIKACI PROJEKTU → zde

Nejste si jisti, zda zvolit sekvenování amplikonů, nebo shotgun metagenomiku? Doplňte dostupné informace a uveďte, že potřebujete pomoc s plánováním experimentu.

DOMLUVTE SI KONZULTACI → zde