RNA-seq, jak również pozostałe z naszych usług, nie ma jednej stałej ceny. Koszt zależy przede wszystkim od liczby próbek, rodzaju biblioteki, ilości danych na próbkę oraz zakresu usługi.
Najbardziej ekonomiczny jest zazwyczaj standardowy mRNA-seq z selekcją Poly(A). Total RNA-seq, low-input RNA-seq oraz analiza pełnej długości transkryptów wymagają bardziej zaawansowanych protokołów, kosztowniejszych zestawów do przygotowania bibliotek i zwykle są droższe.
Co wpływa na cenę RNA-seq?
| Element projektu | Wpływ na cenę |
|---|---|
| Liczba próbek | Więcej próbek zwykle oznacza niższą cenę jednostkową |
| Izolacja RNA | Dodatkowy koszt, jeśli dostarczany jest materiał biologiczny |
| Kontrola jakości | Obejmuje pomiar ilości, czystości i integralności RNA - jest ujęty w cenie usługi |
| Rodzaj biblioteki | Poly(A), stranded, deplecja rRNA, small RNA i low-input wymagają różnych zestawów do przygotowania bibliotek i mają różną cenę |
| Ilość danych | Większa liczba odczytów zwiększa koszt sekwencjonowania |
| Tryb sekwencjonowania | Paired-end jest zwykle droższy niż single-end |
| Analiza bioinformatyczna | Koszt zależy od zakresu i liczby porównań |
| Jakość materiału | Słabe próbki mogą wymagać dodatkowego przygotowania, tj. oczyszczania, które może generować dodatkowe koszty. |
| Dostarczenie danych | Projekty, w których generowane jest ponad 800 Gb danych, wymagają przesłania wyników na zewnętrznym dysku kurierem |
Rodzaj RNA-seq a koszt
mRNA-seq z selekcją Poly(A)
Najczęściej wybierany i zwykle najbardziej ekonomiczny wariant dla organizmów eukariotycznych. Służy przede wszystkim do analizy ekspresji genów kodujących białka.
Standardowy wariant obejmuje najczęściej:
- bibliotekę stranded,
- sekwencjonowanie paired-end 2 × 150 bp,
- rekomendowana ilość danych to około 6-10 Gb danych na próbkę,
- analizę ekspresji i DEG.
Total RNA-seq z deplecją rRNA
Zwykle jest droższy od mRNA-seq, ponieważ:
- przygotowanie biblioteki wymaga usunięcia rRNA,
- analizowanych jest więcej klas transkryptów,
- potrzebna jest większa ilość danych,
- analiza bioinformatyczna jest bardziej rozbudowana.
Rekomendowana ilość danych wynosi około 12-16 Gb na próbkę.
Low-input RNA-seq
Koszt zależy od liczby komórek lub ilości RNA oraz wybranego protokołu. Mała ilość materiału może wymagać specjalnych zestawów, większej liczby cykli amplifikacji i innej kontroli jakości.
Small RNA-seq
Wymaga osobnego sposobu przygotowania biblioteki, selekcji krótkich fragmentów i dedykowanej analizy bioinformatycznej. Nie jest standardowym dodatkiem do mRNA-seq ani Total RNA-seq.
Full-length transcriptome
Sekwencjonowanie pełnej długości transkryptów na platformie PacBio lub Oxford Nanopore jest zwykle droższe od klasycznego RNA-seq Illumina. Stosuje się je, gdy celem jest analiza kompletnych izoform i alternatywnego splicingu.
Jak ilość danych wpływa na cenę?
Im większa ilość danych na próbkę, tym wyższy koszt sekwencjonowania.
| Wariant | Orientacyjna ilość danych | Typowe zastosowanie |
|---|---|---|
| Podstawowy mRNA-seq | 6 Gb | Standardowa analiza DEG |
| Rozszerzony mRNA-seq | 10 Gb | Słabiej eksprymowane geny |
| Głęboki mRNA-seq | 15 Gb | Splicing, izoformy, nowe transkrypty |
| Total RNA-seq | 12 Gb | mRNA i lncRNA |
| Rozszerzony Total RNA-seq | 16 Gb | Analiza obejmująca circRNA |
Nie zawsze warto wybierać największy output. W standardowej analizie DEG większą korzyść może przynieść zwiększenie liczby powtórzeń biologicznych niż bardzo głębokie sekwencjonowanie niewielkiej liczby próbek.
Jak liczba próbek wpływa na cenę?
Koszt jednostkowy zwykle maleje wraz ze wzrostem liczby próbek, ponieważ można efektywniej wykorzystać zestawy do przygotowania bibliotek i dostępną przepustowość sekwenatora.
Małe projekty mogą być relatywnie droższe w przeliczeniu na próbkę ze względu na:
- minimalną wielkość partii laboratoryjnej,
- koszt przygotowania bibliotek,
- konieczność oczekiwania na pulę sekwencyjną,
- stałe koszty analizy i raportowania.
Nie należy ograniczać liczby powtórzeń biologicznych wyłącznie w celu obniżenia ceny. Projekt zbyt mały statystycznie może nie dostarczyć wiarygodnych wyników.
Co może podnieść koszt projektu?
- izolacja RNA z tkanek lub komórek,
- próbki low-input lub po FACS,
- materiał FFPE albo zdegradowany,
- konieczność użycia niestandardowego zestawu do przygotowania bibliotek,
- większa głębokość sekwencjonowania,
- ponowne przygotowanie biblioteki z próbki niespełniającej wymagań.
Wymagania dotyczące próbek
Dla standardowego mRNA-seq rekomendowane jest:
- powyżej 0,5 µg total RNA,
- stężenie powyżej 50 ng/µl,
- objętość powyżej 20 µl,
- OD260/280: 1,8-2,2,
- RIN powyżej 7, a dla roślin powyżej 6.
Dostarczenie RNA spełniającego wymagania ogranicza ryzyko dodatkowych kosztów i opóźnień. Próbki low-input, FFPE lub o obniżonej jakości wymagają indywidualnej kwalifikacji.
Typowe błędy przy porównywaniu ofert
- porównywanie wyłącznie ceny za próbkę,
- nieuwzględnienie liczby odczytów lub Gb na próbkę,
- mylenie pojedynczych odczytów z parami odczytów,
- brak informacji, czy cena obejmuje przygotowanie bibliotek,
- brak informacji o analizie bioinformatycznej,
- porównywanie mRNA-seq z Total RNA-seq,
- nieuwzględnienie izolacji RNA,
- wybór zbyt małej liczby powtórzeń biologicznych,
- zamówienie większej ilości danych, niż wymaga cel projektu,
- brak sprawdzenia, czy podana cena jest netto czy brutto.
Pytania do wyceny projektu
Aby przygotować dokładną ofertę, przygotuj odpowiedzi na następujące pytania:
Uzyskaj wycenę
Opisz projekt - dobierzemy metodę i ilość danych.
Na podstawie liczby próbek, jakości materiału i celu badania przygotujemy dopasowaną wycenę obejmującą izolację RNA, kontrolę jakości, przygotowanie bibliotek, sekwencjonowanie oraz wybrany zakres analizy bioinformatycznej.
Wybrane realizacje i publikacje naszych klientów
Sprawdź, dla jakich instytucji wykonujemy sekwencjonowanie NGS i w jakich publikacjach wykorzystano dostarczone przez nas dane.