Příprava vzorku je klíčovou fází každého výzkumu, která umožňuje dále rozvíjet poznatky v přírodních vědách a zkoumat genetické rozdíly u zkoumaného organismu. V rámci služby pro vás můžeme provést izolaci nukleových kyselin ze zaslané tkáně. Vzorky vynikající kvality v dostatečném množství mohou usnadnit průběh vašich sekvenačních projektů a poskytnout spolehlivější data pro následnou bioinformatickou analýzu. Níže uvedené požadavky na vzorky tkání představují minimální objemy potřebné k izolaci. Pokud je to možné, doporučujeme zaslat větší množství materiálu.
Sekvenování mikrobiomu
Mikroorganismy
| Původ | ILLUMINA | PacBio | ONT |
|---|---|---|---|
| Bakterie | 1 x 107 | ≥ 3,5 x 1010 | ≥ 3,5 x 1010 |
| Jednobuněčné houby | 1 x 107 | ≥ 3,5 x 1010 | ≥ 3,5 x 1010 |
| Makroskopické houby | ≥ 4,0 g | ≥ 10,0 g | ≥ 10,0 g |
K izolaci lze zaslat pelet z kultury, je však nutné jej před odesláním vhodně připravit. Informace o správné přípravě vzorků s peletem naleznete zde.
Vzorky z prostředí
| TYP | AMPLIKON | NGS - Metagenom | ONT - Metagenom |
|---|---|---|---|
| Půda | 2 g | 3 g | 5 g |
| Střevní obsah - zvířata | 2 g | 2 g | 3 g |
| Střevní obsah - hmyz | 0,25 g | 2 g | 3 g |
| Povrch rostlin | Obohacený sediment 0,5 g | Obohacený sediment 1 g | 3 g |
| Fermentační bujón | Obohacený sediment 0,5 g | Obohacený sediment 0,5 g | - |
| Povrchové mikroorganismy | Filtrační papír nebo vatový tampon | 5-6 vatových tamponů | - |
| Voda/ Vzduch/ Biofilm | Filtrační papír | 1-2 filtrační papíry | - |
| Kůže/ Stěr z pohlavních orgánů/ Sliny/ Měkká tkáň ústní dutiny/ Výtěr z krku/ Výtěr z konečníku | 2-3 vatové tampony | 2-3 vatové tampony | - |
| Výkaly - zvířata | 2 g | 2 g | 3 g |
K izolaci lze zaslat filtry po filtraci vody, je však nutné je náležitě připravit. Pokyny ke správné přípravě vzorků vody najdete zde.
Sestavení genomu de novo
| Původ | Tkáň | Předběžná analýza - Illumina | PacBio | Hi-C |
|---|---|---|---|---|
| Zvířata | Vnitřní orgány | 1 g | ≥ 4 g | ≥ 2,0 g |
| Svaly | 1 g | ≥ 5 g | ≥ 2,0 g | |
| Krev savců* | 1 g | ≥ 5 ml | ≥ 2 mL | |
| Krev ryb/drůbeže* | 1 g | ≥ 1 ml | ≥ 2 mL | |
| Rostliny | Čerstvé listy | 2 g | ≥ 5 g | ≥ 4,0 g |
| Korunní lístky / stonky | 2 g | ≥ 10 g | - | |
| Kořeny / semena | 2 g | ≥ 20 g | - | |
| Buňky | Buněčná kultura | - | ≥ 1 x 108 | ≥ 1 x 107 |
Populační genetika
| Původ | Tkáň | WGS - Illumina | WGS -ONT | SLAF-seq |
|---|---|---|---|---|
| Zvířata | Vnitřní orgány | 1 g | ≥ 4 g | ≥ 0,5 g |
| Svaly | 1 g | ≥ 5 g | ≥ 0,5 g | |
| Krev savců* | 1,5 ml | ≥ 5 ml | 1,5 ml | |
| Krev ryb/drůbeže* | 1,5 ml | ≥ 1 ml | 1,5 ml | |
| Rostliny | Čerstvé listy | 2 g | ≥ 5 g | 1 g |
| Korunní lístky / stonky | 2 g | ≥ 10 g | 1 g | |
| Kořeny / semena | 2 g | ≥ 20 g | 1 g | |
| Buňky | Buněčná kultura | - | ≥ 1 x 108 | - |
Sekvenování transkriptomu
| Původ | TKÁŇ | NGS | TGS | Lnc-RNA | small-RNA |
|---|---|---|---|---|---|
| Zvířata | Srdce / střevo | 350 mg | 350 mg | 500 mg | 500 mg |
| Vnitřnosti / mozek | 250 mg | 250 mg | 250 mg | 250 mg | |
| Svaly | 500 mg | 500 mg | 600 mg | 600 mg | |
| Kosti / vlasy / kůže | 1 g | 1 g | 1,5 g | 1,5 g | |
| Rostliny | Kořeny / korunní lístky / stonky | 500 mg | 600 mg | 600 mg | 600 mg |
| Listy / semena | 350 mg | 350 mg | 350 mg | 350 mg | |
| Plody | 1,5 g | 1,5 g | 1,5 g | 1,5 g | |
| Buňky | Buněčná kultura | 3 x 106 | 3 x 106 | 3 x 106 | 3 x 106 |
| Členovci | Hmyz | 6 | 6 | 9 | 9 |
| Korýši | 350 mg | 350 mg | 500 mg | 500 mg | |
| Plná krev* | Krev* | 1 zkumavka | 1 zkumavka | 2 zkumavky | 2 zkumavky |
| Sérum | - | - | 6 mL | 6 mL | |
| Plazma | - | - | 6 mL | 6 mL |
Ve výjimečných případech, kdy materiál v projektu vyžaduje zvláštní podmínky nebo podmínky odlišné od výše uvedených (např. menší množství), lze požadavky individuálně přizpůsobit potřebám zákazníka po předchozí dohodě s týmem podpory.
Při vlastní izolaci DNA / RNA platí požadavky na vzorky nukleových kyselin.
* Krev je mimořádně citlivý materiál vzhledem ke své schopnosti srážet se. Aby byl váš materiál během přepravy chráněn, připravte prosím vzorky krve v souladu s postupem přípravy krve.