Požadavky na vzorky - DNA/RNA

Zjistěte, kolik DNA nebo RNA připravit, jaká koncentrace a čistota jsou požadovány a které parametry jsou rozhodující při kontrole kvality.

Příprava vzorku je klíčovou fází každého výzkumu, která umožňuje dále prohlubovat poznatky v přírodních vědách a zkoumat genetické rozdíly u organismu, který je předmětem zájmu. Díky vzorkům nukleových kyselin mimořádné kvality a v dostatečném množství mohou vaše sekvenační projekty probíhat efektivněji a poskytovat spolehlivější data pro následnou bioinformatickou analýzu. Níže uvedené požadavky na vzorky představují minimální objemy a koncentrace potřebné pro analýzu. Pokud je to možné, doporučujeme zaslat větší množství materiálu.

Metagenom

POŽADAVKY NA METAGENOMICKÉ VZORKY3 služby

Služba	Typ vzorku	Množstvíng	Koncentraceng/uL
Amplikon	gDNA	≥500	≥20
Metagenomika	gDNA	≥500	≥20
Denovo (Nanopore)	Bakterie / houby	gDNA	≥2000 ≥40

Transkriptom

POŽADAVKY NA TRANSKRIPTOMICKÉ VZORKY6 služeb

Sekvenování transkriptomu v plné délce (TGS)

Služba	Typ vzorku	ObjemuL	Množstvíug	Koncentraceng/uL	Integrita RNA	Čistota (NanoDrop)
mediátorová RNA	Celková RNA	≥10	≥2	≥50	≥7	OD260/280: 1,8-2,2 OD260/230: 0,5-2,5
mediátorová RNA	Celková RNA	≥10	≥2	≥50	≥ 6 (rostliny)
sRNA	Celková RNA obsahující malé RNA	≥10	≥50	≥100	≥7.5
sRNA	Celková RNA obsahující malé RNA	≥10	≥50	≥100	≥ 7 (rostliny)
lncRNA	Celková RNA	≥10	≥2	≥100	≥ 6.5
lncRNA	Celková RNA	≥10	≥2	≥100	≥ 6 (rostliny)
circRNA	Celková RNA	≥10	≥2	≥100	≥ 6.5
circRNA	Celková RNA	≥10	≥2	≥100	≥ 6 (rostliny)
Nanopore	Celková RNA	≥20	≥2	≥100	≥8	-
Nanopore	Celková RNA	≥20	≥2	≥100	≥ 7,5 (rostliny)
PacBio	Celková RNA	≥20	≥2	≥150	≥9
PacBio	Celková RNA	≥20	≥2	≥150	≥ 7,5 (rostliny)

MIMO TABULKU · ULTRA-LOW INPUT RNA-SEQ

Typ vzorkubuňky v roztoku nebo malé množství celkové RNA

Doporučené množství>1 000 buněk na vzorek v Trizolu nebo 20 ng celkové RNA

CELÝ GENOM (celý genom)

POŽADAVKY NA GENOMOVÉ VZORKY8 služeb

Služba		Typ vzorku	Množstvíug	Koncentraceng/uL	Nanopore/Qubit
De novo sekvenování/resekvenování rostlin & živočichů & pangenom &komparativní genomika	PacBio CLR	gDNA	≥10	≥50	OD260/280: 1,7-2,2 OD260/230: 1,8-2,5
	PacBio CCS	gDNA	≥15	≥300	OD260/280: 1,7-2,2 OD260/230: 1,8-2,5
	Nanopore	gDNA	≥8	≥100	OD260/280: 1,7-2,2 OD260/230:≥1,5
	Nanopore (8K)	gDNA	≥2	≥100	OD260/280: 1,7-2,2 OD260/230:≥1,5
	NGS - Illumina	gDNA	≥1	≥30	OD260/280: 1,6-2,5 OD260/230:≥ 0,5
	NGS - BGI	gDNA	≥2	≥12.5	OD260/280: 1,6-2,5 OD260/230:≥ 0,5
Resekvenování genomů rostlin & živočichů	Produkt PCR (proužek)	PCR	≥3	≥30
	Produkt PCR (proužek)	PCR	≥3	≥30	Produkt PCR (disperze)	PCR	≥3	≥30

Knihovny připravené k sekvenování

POŽADAVKY NA PŘEDEM PŘIPRAVENÉ KNIHOVNY1 služba

Služba	Množstvíng	Koncentraceng/uL
Sekvenování předem připravených knihoven	≥500	≥20

DŮLEŽITÉ

Ve výjimečných případech, kdy materiál vyžaduje zvláštní podmínky nebo podmínky odlišné od výše uvedených (např. nižší koncentraci), je možné požadavky individuálně přizpůsobit potřebám zákazníka po předchozí dohodě se zákaznickým manažerem (contact@weseq.it).

Těm, kteří před odesláním nemohou ověřit kvalitu svého materiálu určeného k analýze nebo mají často potíže se získáním vysoce kvalitního materiálu, navíc doporučujeme Intervenční balíček QC.

Pokud služba zahrnuje izolaci nukleových kyselin, seznamte se prosím s požadavky na tkáně.

SOUBORY KE STAŽENÍ

Požadavky na vzorky weSEQ.ITPDF - 2,9 MBSTÁHNOUT

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Požadavky na vzorky - TKÁNĚ Doporučení pro přípravu vzorků k odeslání Typy vzorků Vzorky plné krve Peleta bakteriální kultury Vzorky vody

KLÍČOVÁ SLOVA

požadavky na vzorkymnožství DNAkoncentracekvalita DNARINpříprava vzorků

Byl vám tento článek užitečný?

Vaše odpověď nám pomáhá zlepšovat znalostní bázi.

← Předchozí ve fázi 03Typy vzorků Další ve fázi 03 →Požadavky na vzorky - TKÁNĚ

Hledáte jiný článek?

Zpět na všechna témata →