RNA-seq, stejně jako ostatní naše služby, nemá jednu pevně stanovenou cenu. Náklady závisejí především na počtu vzorků, typu knihovny, množství dat na vzorek a rozsahu služby.
Cenově nejvýhodnější bývá standardní sekvenování mRNA se selekcí poly(A). Sekvenování celkové RNA, low-input RNA-seq a analýza transkriptů v plné délce vyžadují pokročilejší protokoly, nákladnější soupravy pro přípravu knihoven a obvykle jsou dražší.
Co ovlivňuje cenu RNA-seq?
| Prvek projektu | Vliv na cenu |
|---|---|
| Počet vzorků | Více vzorků obvykle znamená nižší cenu za vzorek |
| Izolace RNA | Dodatečné náklady, pokud je dodán biologický materiál |
| Kontrola kvality | Zahrnuje měření množství, čistoty a integrity RNA - je zahrnuto v ceně služby |
| Typ knihovny | poly(A), stranded, deplece rRNA, small RNA a low-input vyžadují různé soupravy pro přípravu knihoven a liší se cenou |
| Objem dat | Vyšší počet čtení zvyšuje náklady na sekvenování |
| Režim sekvenování | Paired-end je obvykle dražší než single-end |
| Bioinformatická analýza | Náklady závisejí na rozsahu a počtu porovnání |
| Kvalita materiálu | Nekvalitní vzorky mohou vyžadovat dodatečnou přípravu, tedy čištění, které může znamenat další náklady. |
| Předání dat | Projekty, při nichž se generuje více než 800 Gb dat, vyžadují zaslání výsledků na externím disku kurýrní službou |
Typ RNA-seq a náklady
Sekvenování mRNA se selekcí poly(A)
Nejčastěji volená a obvykle nejekonomičtější varianta pro eukaryotické organismy. Slouží především k analýze exprese genů kódujících proteiny.
Standardní varianta nejčastěji zahrnuje:
- vláknově specifickou knihovnu,
- paired-end sekvenování 2 × 150 bp,
- doporučený objem dat je přibližně 6-10 Gb na vzorek,
- analýzu exprese a DEG.
Sekvenování celkové RNA s deplecí rRNA
Obvykle je dražší než sekvenování mRNA, protože:
- příprava knihovny vyžaduje odstranění rRNA,
- analyzuje se více tříd transkriptů,
- je zapotřebí větší objem dat,
- bioinformatická analýza je rozsáhlejší.
Doporučený objem dat je přibližně 12-16 Gb na vzorek.
RNA-seq s nízkým množstvím vstupního materiálu
Náklady závisí na počtu buněk nebo množství RNA a na zvoleném protokolu. Malé množství materiálu může vyžadovat speciální soupravy, více amplifikačních cyklů a odlišnou kontrolu kvality.
Sekvenování malých RNA
Vyžaduje samostatný postup přípravy knihovny, selekci krátkých fragmentů a specializovanou bioinformatickou analýzu. Nejedná se o standardní doplněk sekvenování mRNA ani sekvenování celkové RNA.
Transkriptom v plné délce
Sekvenování transkriptů v plné délce na platformě PacBio nebo Oxford Nanopore je obvykle dražší než klasické RNA-seq na platformě Illumina. Používá se tehdy, je-li cílem analýza kompletních izoforem a alternativního sestřihu.
Jak objem dat ovlivňuje cenu?
Čím větší je objem dat na vzorek, tím vyšší jsou náklady na sekvenování.
| Varianta | Orientační objem dat | Typické využití |
|---|---|---|
| Základní mRNA-seq | 6 Gb | Standardní analýza DEG |
| Rozšířené mRNA-seq | 10 Gb | Geny s nižší expresí |
| Hloubkové mRNA-seq | 15 Gb | Sestřih, izoformy, nové transkripty |
| Sekvenování celkové RNA | 12 Gb | mRNA a lncRNA |
| Rozšířené sekvenování celkové RNA | 16 Gb | Analýza zahrnující cirkulární RNA |
Ne vždy se vyplatí volit největší objem dat. Při standardní analýze DEG může být zvýšení počtu biologických replikátů přínosnější než velmi hluboké sekvenování malého počtu vzorků.
Jak počet vzorků ovlivňuje cenu?
Náklady na jeden vzorek obvykle klesají s rostoucím počtem vzorků, protože lze efektivněji využít soupravy pro přípravu knihoven a dostupnou kapacitu sekvenátoru.
Malé projekty mohou být v přepočtu na vzorek relativně dražší kvůli:
- minimální velikosti laboratorní série,
- nákladům na přípravu knihoven,
- nutnost čekat na naplnění sekvenačního poolu,
- fixní náklady na analýzu a zpracování zprávy.
Počet biologických replikátů by se neměl omezovat pouze kvůli snížení ceny. Projekt s nedostatečným počtem vzorků pro statistické vyhodnocení nemusí přinést spolehlivé výsledky.
Co může zvýšit náklady na projekt?
- izolace RNA z tkání nebo buněk,
- vzorky s nízkým množstvím vstupního materiálu nebo po třídění metodou FACS,
- materiál FFPE nebo degradovaný materiál,
- nutnost použít nestandardní soupravu pro přípravu knihoven,
- větší hloubka sekvenování,
- opakovaná příprava knihovny ze vzorku, který nesplňuje požadavky.
Požadavky na vzorky
Pro standardní mRNA-seq se doporučuje:
- více než 0,5 µg celkové RNA,
- koncentrace vyšší než 50 ng/µL,
- objem větší než 20 µL,
- OD260/280: 1,8-2,2,
- RIN vyšší než 7, u rostlin vyšší než 6.
Dodání RNA splňující požadavky snižuje riziko dodatečných nákladů a zpoždění. Vzorky s nízkým množstvím vstupního materiálu, vzorky FFPE nebo vzorky se sníženou kvalitou vyžadují individuální posouzení vhodnosti.
Typické chyby při porovnávání nabídek
- porovnávání pouze ceny za vzorek,
- nezohlednění počtu čtení nebo Gb na vzorek,
- zaměňování jednotlivých čtení za páry čtení,
- chybějící informace o tom, zda cena zahrnuje přípravu knihoven,
- chybějící informace o bioinformatické analýze,
- porovnávání sekvenování mRNA se sekvenováním celkové RNA,
- nezohlednění izolace RNA,
- volba příliš malého počtu biologických replikátů,
- objednání většího objemu dat, než vyžaduje cíl projektu,
- neověření, zda je uvedená cena bez DPH, nebo včetně DPH.
Otázky pro přípravu cenové nabídky projektu
Pro přípravu přesné cenové nabídky si připravte odpovědi na následující otázky:
Získejte cenovou nabídku
Popište projekt - vybereme vhodnou metodu a množství dat.
Na základě počtu vzorků, kvality materiálu a cíle výzkumu připravíme cenovou nabídku na míru zahrnující izolaci RNA, kontrolu kvality, přípravu knihoven, sekvenování a zvolený rozsah bioinformatické analýzy.
Vybrané realizované projekty a publikace našich zákazníků
Podívejte se, pro které instituce provádíme sekvenování NGS a v jakých publikacích byla využita námi dodaná data.