Sekvenování malých RNA

Sekvenování malých RNA (angl. small RNA sequencing) je technika sloužící k identifikaci a analýze malých molekul RNA (obvykle o délce 18-30 nukleotidů), jako jsou mikroRNA (miRNA), malé interferující RNA (siRNA) nebo piRNA (angl. piwi interacting).

Průběh sekvenování malých RNA

Využití sekvenování malých RNA

Tato technika umožňuje lépe porozumět úloze malých RNA v biologii buňky a jejich potenciálnímu terapeutickému využití.

Technické parametry sekvenování malých RNA

• Způsob přípravy knihoven: odstranění ribozomální RNA ze vzorku a následná selekce frakce krátkých RNA.
• Režim sekvenování: 1 × 50 bp (SE50)
• Sekvenátory: platformy Illumina
• Doporučené množství dat na vzorek:
  • 10M čtení na vzorek
  • 20M čtení na vzorek
  • K dispozici jsou i další konfigurace podle potřeb zákazníka.
• Kvalita dat: Q30 ≥ 85 %
• Doporučené požadavky na vzorky:
  • Typ vzorku: celková RNA obsahující frakci malých RNA
  • Množství: > 2000 ng
  • Koncentrace (NanoDrop): >100 ng/μL
  • Objem: >10 μL
  • Čistota (OD260/280): 1,8 - 2,2
  • RIN: >7
• MINIMÁLNÍ požadavky na vzorky:
  • Typ vzorku: celková RNA
  • Množství: > 500 ng
  • Koncentrace (Qubit): >80 ng/μL
  • Objem: >10 μL
  • Čistota (OD260/280): 1,7 - 2,5
  • RIN: >6,5
  • 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0

Je možná také izolace RNA z dodaných vzorků. Podrobnosti zde.

Bioinformatická analýza sekvenování malých RNA

Pokročilá bioinformatická analýza v balíčku small RNA-seq zahrnuje mimo jiné:

• Kontrolu kvality dat po sekvenování
• Anotace ncRNA a repetitivních sekvencí a mapování na referenční genom
• Identifikace známých a nových miRNA
• Predikce prekurzorů nových miRNA pomocí miRDeep2
• Distribuce exprese miRNA
• Identifikace a anotace cílových genů miRNA
• Anotace cílových genů diferenciálně exprimovaných miRNA v databázi KEGG