Metagenomické sekvenování

Metagenomické sekvenování (Metagenom Seq) je pokročilá výzkumná metoda sloužící k analýze veškerého genetického materiálu různých mikroorganismů obývajících určité prostředí, například půdu, vodu, střeva, kůži apod. Pomocí Metagenom Seq lze zkoumat všechny mikroorganismy přítomné ve vzorku bez nutnosti jejich předchozí kultivace v laboratoři. Tento postup poskytuje podrobné informace o biodiverzitě mikroorganismů, jejich funkcích a vzájemných interakcích v daném ekosystému.

Průběh metagenomického sekvenování

Využití metagenomického sekvenování

Technické parametry metagenomického sekvenování

Specifikace: Illumina

• Režim sekvenování: 2 × 150 bp
• Objem dat na vzorek (výstup):
  • 6 Gb dat na vzorek - standardní, doporučený postup
  • 10 Gb dat na vzorek
  • 20 Gb dat na vzorek;
  • Jiný / Nestandardní (na zvláštní přání zákazníka).

• Doporučené požadavky na vzorky (Illumina):
  • Typ vzorku: gDNA
  • Množství: > 50 ng
  • Koncentrace (NanoDrop): >20 ng/μL
  • Objem: >20 μL
  • Čistota (OD260/280): 1,6 - 2,5
• MINIMÁLNÍ požadavky na vzorky (Illumina):
  • Typ vzorku: gDNA
  • Množství: > 30 ng
  • Koncentrace (Qubit): >1 ng/μL
  • Objem: >20 μL

Z dodaných vzorků lze také izolovat DNA. Podrobnosti zde.

Specifikace: PacBio

• Dlouhá čtení, 8 kb
• Objem dat na vzorek (výstup):
  • 10 Gb dat na vzorek - standardní, doporučený postup
  • 20 Gb dat na vzorek
  • Jiný / nestandardní (na zvláštní přání zákazníka).

• Doporučené požadavky na vzorky (PacBio):
  • Typ vzorku: gDNA
  • Množství: > 15 000 ng
  • Koncentrace (NanoDrop): >50 ng/μL
  • Objem: >20 μL
  • Čistota (OD260/280): 1,6 - 2,5
• MINIMÁLNÍ požadavky na vzorky (PacBio):
  • Typ vzorku: gDNA
  • Množství: > 10 000 ng
  • Koncentrace (Qubit): >50 ng/μL
  • Objem: >20 μL

Z dodaných vzorků lze také izolovat DNA. Podrobnosti zde.

Specifikace: ONT

• Dlouhá čtení, 10 kb
• Objem dat na vzorek (výstup):
  • 6 Gb dat na vzorek - standardní, doporučený postup
  • 10 Gb dat na vzorek
  • Jiný / nestandardní (na zvláštní přání zákazníka).

• Doporučené požadavky na vzorky (ONT):
  • Typ vzorku: gDNA
  • Množství: > 3 000 ng
  • Koncentrace (NanoDrop): > 50 ng/μL
  • Objem: >20 μL
  • Čistota (OD260/280): 1,6 - 2,5
• MINIMÁLNÍ požadavky na vzorky (PacBio):
  • Typ vzorku: gDNA
  • Množství: > 2 000 ng
  • Koncentrace (Qubit): > 40 ng/μL
  • Objem: >20 μL

Z dodaných vzorků lze také izolovat DNA. Podrobnosti zde.

Bioinformatická analýza metagenomického sekvenování

Pokročilá bioinformatická analýza v balíčku Metagenom Seq zahrnuje mimo jiné:

• Funkční anotace: Nr, GO, KEGG, eggNOG, Pfam, SwissProt, CAZy, CARD, PHI-base, CYPED, QS, BacMet
• Analýza biodiverzity - na úrovni funkcí a druhů
• Složení a relativní abundance
• Analýzu alfa a beta diverzity
• Analýzu rozdílů mezi skupinami
• Analýzu korelací a vztahů