Transkriptomické studie umožňují určit, které geny jsou v analyzovaném biologickém materiálu aktivní a jak se úroveň jejich exprese mění mezi vzorky, experimentálními podmínkami nebo vývojovými stadii. V závislosti na cíli projektu může analýza zahrnovat kódující RNA, dlouhé a krátké nekódující RNA, cirkulární RNA, transkripty v plné délce a jejich alternativní izoformy. Nabízíme řešení pro analýzu transkriptomů eukaryotických a prokaryotických organismů. Pomůžeme vám zvolit metodu přípravy knihoven, technologii sekvenování, požadované množství dat a rozsah bioinformatické analýzy podle typu materiálu, organismu a cíle výzkumu.
Vyberte službu, která vás zajímá, a seznamte se s požadavky na vzorky, dostupnými variantami sekvenování a možným rozsahem analýzy dat.
- Celková RNA (knihovny připravované metodou deplece rRNA a pomocí soupravy určené pro sekvenování malých RNA)
- mRNA (knihovny připravované metodou selekce poly(A) nebo metodou stranded mRNA)
- Malé RNA (knihovny připravované pomocí soupravy určené pro sekvenování malých RNA)
- lncRNA (knihovny připravované metodou deplece rRNA)
- Transkript v plné délce (sekvenování metodou dlouhých čtení)
- Prokaryotic RNA-seq (knihovny připravované metodou deplece rRNA)
Kterou službu zvolit?
Chcete analyzovat především geny kódující proteiny?
Zvolte mRNA-seq. Metoda umožňuje kvantitativní analýzu genové exprese a porovnání transkripčních profilů mezi vzorky.
Chcete kromě mRNA analyzovat také lncRNA nebo circRNA?
Zvažte sekvenování celkové RNA s deplecí rRNA, které zahrnuje širší spektrum tříd RNA než standardní mRNA-seq.
Zajímají vás miRNA a další krátké RNA?
Zvolte sekvenování malých RNA, určené pro analýzu krátkých regulačních molekul.
Chcete rozlišit úplné izoformy transkriptů?
Zvolte sekvenování transkriptomu v plné délce. Čtení transkriptů po celé délce umožňuje přesněji analyzovat alternativní sestřih a strukturu izoforem.
Plánujete analyzovat genovou expresi u bakterií?
Zvolte sekvenování prokaryotické RNA s deplecí rRNA přizpůsobenou prokaryotickému materiálu.
Výběr vhodné metody závisí na typu analyzované RNA, organismu, kvalitě materiálu a výzkumné otázce.
Sdělte nám informace o vzorcích, počtu experimentálních skupin, očekávaném rozsahu analýzy a cíli projektu a my vám pomůžeme zvolit vhodný pracovní postup.
VYPLŇTE SPECIFIKACI PROJEKTU → zde
Nejste si jisti, která metoda bude nejvhodnější? Doplňte dostupné informace a my vám rádi pomůžeme s plánováním experimentu.
DOMLUVTE SI KONZULTACI → zde