Sekvenování prokaryotické mRNA

Sekvenování prokaryotické mRNA je pokročilá metoda analýzy transkriptomu prokaryot (např. bakterií a archeí). Spočívá v sekvenování mRNA, které umožňuje určit, které geny jsou aktivní a jak se jejich exprese mění v čase / za různých podmínek.

Průběh sekvenování prokaryotické mRNA

Využití sekvenování prokaryotické mRNA

Technické parametry sekvenování prokaryotické mRNA

• Způsob přípravy knihoven: odstranění ribozomální RNA ze vzorku
• Režim sekvenování: 2 × 150 bp (PE150), se zachováním informace o vlákně
• Sekvenátory: platforma Illumina NovaSeq
• Doporučené množství dat na vzorek:
  • 2 Gb na vzorek
  • K dispozici jsou i další konfigurace podle potřeb zákazníka.
• Kvalita dat: Q30 ≥ 85 %
• Doporučené požadavky na vzorky:
  • Typ vzorku: celková RNA
  • Množství: > 1500 ng
  • Koncentrace (NanoDrop): >100 ng/μL
  • Objem: >15 μL
  • Čistota (OD260/280): 1,8 - 2,2
  • RIN: >7 
• MINIMÁLNÍ požadavky na vzorky:
  • Typ vzorku: celková RNA
  • Množství: > 1000 ng
  • Koncentrace (Qubit): >50 ng/μL
  • Objem: >10 μL
  • Čistota (OD260/280): 1,7 - 2,5
  • RIN: >6,5
  • 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0

Je možná také izolace RNA z dodaných vzorků. Podrobnosti zde.

Bioinformatická analýza sekvenování prokaryotické mRNA

Pokročilá bioinformatická analýza v balíčku sekvenování prokaryotické mRNA zahrnuje mimo jiné:

• Kontrolu kvality dat po sekvenování
• Analýza genové exprese
• Analýza diferenciální exprese
• Anotace funkcí a analýza obohacení
• Predikce a anotace sRNA
• Analýza struktury transkriptu