Whole Bacterial / Fungal Genome Sequencing je pokročilá metoda sekvenování, která umožňuje určit úplnou sekvenci genomu organismu. Tato technika umožňuje analýzu veškeré DNA.
Průběh procesu Bacterial/Fungal WGS
01Izolace DNA: Odběr vzorku a extrakce vysoce kvalitní genomové DNA z bakteriálního vzorku. Používají se různé metody, například soupravy pro izolaci DNA, které odstraňují kontaminanty a zajišťují čistý genetický materiál.
02Příprava knihoven: Fragmentace a přidání sekvenačních adaptérů a indexů.
03Sekvenování: Analýza na sekvenačních platformách Illumina, PacBio nebo ONT (Oxford Nanopore Technologies)
04Bioinformatická analýza: Sestavování genomu za účelem rekonstrukce celogenomové sekvence z krátkých čtení, anotace genů a porovnání s referenčním genomem.
Využití Bacterial/Fungal WGS
01Lékařská diagnostika:
- Identifikace patogenů způsobujících bakteriální infekce.
- Analýza rezistence vůči antibiotikům (např. detekce genů rezistence, jako jsou bla, mecA, van).
- Charakterizace bakteriálních kmenů s cílem určit jejich patogenní potenciál.
- Diagnostika houbových patogenů (např. Candida albicans, Aspergillus fumigatus). Analýza kmenů rezistentních vůči antimykotikům.
02Epidemiologie:
- Sledování zdrojů nákazy při vypuknutí epidemií (např. Salmonella, E. coli, Listeria).
- Určování genetické příbuznosti mezi kmeny v čase a prostoru.
- Analýza příbuznosti houbových kmenů v ohniscích nemocničních infekcí a infekcí z prostředí.
03Vědecký výzkum:
- Charakterizace nových druhů bakterií a jejich genomů.
- Porozumění adaptačním mechanismům, např. v prostředí nebo pod vlivem antibiotik.
- Porozumění biologii hub, např. životnímu cyklu a mechanismům patogeneze. Výzkum genů odpovědných za produkci sekundárních metabolitů (např. antibiotik).
04Bezpečnost potravin:
- Monitorování bakterií v potravinovém dodavatelském řetězci (např. detekce patogenních bakterií v potravinářském průmyslu).
- Kontrola kvality a sledování kmenů způsobujících kontaminaci výrobků.
- Detekce hub produkujících mykotoxiny v potravinách a krmivech (např. Aspergillus produkující aflatoxiny).
05Zemědělství a ochrana zdraví zvířat:
- Analýza bakterií patogenních pro hospodářská zvířata.
- Výzkum půdního mikrobiomu a vlivu bakterií na výnosy plodin.
- Analýza houbových patogenů rostlin (např. Fusarium, Phytophthora).
- Výzkum symbiotických hub zlepšujících zdraví rostlin.
06Environmentální mikrobiologie:
- Výzkum rozmanitosti mikroorganismů v ekosystémech.
- Analýza úlohy bakterií v biotechnologických procesech (např. dekontaminace životního prostředí).
- Využití ve farmaceutickém průmyslu (např. produkce penicilinu houbami rodu Penicillium), v potravinářství (fermentace) či při výrobě biopaliv (např. celulolytické enzymy).
- Analýza úlohy hub v koloběhu látek, např. při rozkladu biomasy, a v bioremediaci.
Technická charakteristika Bacterial/Fungal WGS
- Režim sekvenování:
- Illumina: 2 × 150 bp
- ONT: 20 kb
- PacBio Revio: 10 kb-HiFi
- Doporučená hloubka pokrytí genomu / množství dat na vzorek:
- Bacterial WGS
- Illumina (pracovní sestava genomu): 100 X
- Nanopore: ≥ 100X ONT + 100X Illumina - kompletní sestava genomu 0-Gap
- PacBio: 30X HiFi + 100X Illumina - kompletní sestava genomu 0-Gap
- Fungal WGS
- Illumina: 100X (Orientační analýza: 50X)
- Nanopore: ≥ 100X ONT + 50X Illumina
- PacBio: 30X HiFi + 50X Illumina
- Bacterial WGS
Požadavky na vzorky
Minimální požadavky na vzorky (Illumina):
- Typ vzorku: gDNA
- Množství: > 60 ng
- Koncentrace (NanoDrop): >1 ng/μL
- Objem: >20 μL
Minimální požadavky na vzorky (PacBio):
- Typ vzorku: gDNA
- Množství: > 2 μg
- Koncentrace (NanoDrop): >20 ng/μL
- Objem: >20 μL
Minimální požadavky na vzorky (ONT):
- Typ vzorku: gDNA
- Množství: > 2 μg
- Koncentrace (NanoDrop): >50 ng/μL
- Objem: >20 μL
Doporučujeme zaslat vzorek ve větším množství / vyšší koncentraci, než je požadované minimum.
Z dodaných vzorků je možná také izolace DNA. Podrobnosti zde.
Bioinformatická analýza Bacterial/Fungal WGS
- Celogenomové resekvenování hub (WGS):
- Detekce jednonukleotidových polymorfismů (SNP).
- Sestavování genomu de novo:
ROZSAH BIOINFORMATICKÉ ANALÝZY3 analýzyAnalýza genomu hub/bakterií (Illumina) Odhad velikosti genomu.Pracovní sestava genomu hub/bakterií (Illumina) Analýza složek genomu a anotace funkcí.Přesně sestavený genom hub/bakterií (Illumina + ONT/PacBio) Analýza složek genomu a anotace funkcí. Bakterie - vizualizace genomu pomocí diagramu Circos.
Ukázkové obrázky
Vybrané realizované projekty a publikace našich zákazníků
Podívejte se, pro které instituce provádíme sekvenování NGS a v jakých publikacích byla využita námi dodaná data.
Vybrané realizované projekty (6 zakázek)
SUBJEKT
ROZSAH PRACÍ
ROKY REALIZACE ZAKÁZEK
ROKY REALIZACE ZAKÁZEK
2026
ROKY REALIZACE ZAKÁZEK
2025
ROKY REALIZACE ZAKÁZEK
2024
ROZSAH PRACÍCelogenomové sekvenování bakterií/hub
ROKY REALIZACE ZAKÁZEK
2026
ROZSAH PRACÍCelogenomové sekvenování bakterií/hub
ROKY REALIZACE ZAKÁZEK
2023
ROZSAH PRACÍCelogenomové sekvenování bakterií/hub
ROKY REALIZACE ZAKÁZEK
2026
S ohledem na důvěrnost spolupráce s našimi zákazníky uvádíme pouze vybrané projekty realizované pro veřejný sektor, na které se nevztahují dohody o mlčenlivosti (NDA).
Poslední aktualizace: 12.11.2026
SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY
Celogenomové sekvenování (WGS)Celoexomové sekvenováníSLAF-seqGENOMIKASrovnání: Illumina a AVITIMetatranskriptomika, nebo Prokaryotic RNA-seq? Co zvolit?KLÍČOVÁ SLOVA
Bakteriální genomGenom hubIzolátyMikrobiální WGSSekvenování bakteriálních genomů
Byl vám tento článek užitečný?
Vaše odpověď nám pomáhá zlepšovat znalostní bázi.
Děkujeme - pomáhá nám to.
Děkujeme. Co chybělo?
Stačí jedna věta - dostane se k osobě, která má tento článek na starosti.
Děkujeme za připomínku.