Illumina a AVITI ve stručnosti
Obě platformy - Illumina a AVITI (Element Biosciences) - nabízejí pokročilé technologie sekvenování, liší se však zkušenostmi na trhu, technologií a technickými parametry.
- Illumina - více než 25 let na trhu, zavedený standard sekvenování NGS. Technologie SBS, široké uplatnění, vysoká kapacita (až 20 miliard čtení/běh), přesnost na úrovni Q30. Velmi rozsáhlá globální servisní síť. Stovky ověřených protokolů, aplikací a příkladů využití popsaných v obrovském množství vědeckých publikací.
- AVITI - nový hráč (od roku 2022), inovativní chemie Avidity Sequencing, přesnost Q40+, nižší náklady na Gb dat, kompatibilita s knihovnami Illumina. Dostupnost přístrojů a reagencií je nízká, ale zvyšuje se. Globální síť je zatím ve fázi rozvoje. Vzhledem ke krátkému působení na trhu nejsou k dispozici informace o poruchovosti / problémech / navrhovaných řešeních.
Obě platformy mají své silné stránky - výběr by měl vycházet ze specifik projektu, dostupného rozpočtu a očekávaného rozsahu sekvenování.
Srovnání v tabulce
Zde je věcné a objektivní srovnání platforem Illumina a AVITI v tabulce, založené na údajích z vědeckých publikací a materiálů výrobců:
SROVNÁNÍ ILLUMINA A AVITI12 kritérií
| Kritérium | Illumina | AVITI (Element Biosciences) |
|---|---|---|
| Doba působení na trhu | Od roku 1998 | Od roku 2022 (firma působí od roku 2017) |
| Technologie | Sequencing by Synthesis (SBS) | Avidity Sequencing |
| Délka čtení | MiniSeq: až 2 × 150 bp; MiSeq: až 2 × 300 bp; NextSeq: až 2 × 150 bp; NovaSeq 6000: až 2 × 250 bp; NovaSeq X: až 2 × 150 bp | 2 × 75 bp, 2 × 150 bp, 2 × 300 bp; Syntetická čtení až 5 kb (LoopSeq) |
| Přesnost čtení | Q30 (přesnost 99,9 %, 1 chyba/1000 bází)* | Q40 (přesnost 99,99 %, 1 chyba/10 000 bází)* |
| Max. počet čtení/běh | Až 20 miliard (NovaSeq X Plus) | Až 2 miliardy čtení (2 × 150 bp, 38 h) |
| Doba trvání běhu | 13-44 h (v závislosti na konfiguraci) | 20-60 h (v závislosti na režimu) |
| Kompatibilita knihoven | Vyžaduje knihovny Illumina, široký výběr protokolů | Kompatibilní s knihovnami Illumina, vlastní soupravy (Cloudbreak, Trinity) |
| Dostupnost | Celosvětová, rozsáhlá síť podpory | Rostoucí, dostupnost závisí na regionu |
| Poruchovost | Považovány za stabilní; u HiSeq 4000/NovaSeq byly zaznamenány případy „barcode hopping“ | Žádné významné zprávy o problémech; nová technologie, méně údajů o dlouhodobé stabilitě |
| Náklady (vybavení) | >1 mil. USD (NovaSeq X); vyšší náklady na reagencie | Přibližně 350 000 USD; nižší náklady na Gb dat |
| Využití | WGS, RNA-seq, ChIP-seq, metagenomika, klinická diagnostika | WGS, RNA-seq, Amplikony, metagenomika, Sekvenování RNA (scRNA-seq, Sekvenování miRNA) |
| Počet dostupných modelů | Nejméně 9 modelů (MiniSeq, MiSeq, iSeq 100, NextSeq 550/1000/2000, NovaSeq 6000/X, HiSeq) | 3 modely (AVITI, AVITI LT, AVITI24) |
* přesnost sekvenování / kvalita čtení závisí na knihovnách a kvalita knihoven zase závisí na kvalitě vzorku. Proto je vždy třeba mít na paměti, že vzorek má zásadní vliv na kvalitu výsledků sekvenování!
SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY
Illumina, PacBio nebo Oxford Nanopore? Kterou technologii zvolit?Metatranskriptomika, nebo Prokaryotic RNA-seq? Co zvolit?Amplicon Seq, nebo shotgun metagenomika? Kterou metodu zvolit?mRNA-seq, nebo sekvenování celkové RNA? Kterou metodu zvolit?Sestavování genomu de novo - Illumina, PacBio, Nanopore nebo hybridní přístup?WGS, WES nebo genový panel? Kterou metodu zvolit?KLÍČOVÁ SLOVA
IlluminaAVITIElement Biosciencessekvenační platformysrovnání technologií
Byl vám tento článek užitečný?
Vaše odpověď nám pomáhá zlepšovat znalostní bázi.
Děkujeme - pomáhá nám to.
Děkujeme. Co chybělo?
Stačí jedna věta - dostane se k osobě, která má tento článek na starosti.
Děkujeme za připomínku.